法律分析：虽然被派遣员工系与派遣单位建立劳动关系，应由派遣单位支付工资，但实际上该工资是体现在用工单位支付给派遣单位的派遣费用中的。鉴于《中华人民共和国劳动合同法》第九十二条规定，派遣单位违法法律规定，侵害派遣员工权益的，用工单位应承担连带责任。其中，就包括了派遣单位侵吞派遣员工工资这一情况。因此，建议就员工工资这部分，由用工单位直接支付给派遣员工，以免不法派遣单位卷款而逃。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第五十八条 劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务。劳务派遣单位与被派遣劳动者订立的劳动合同，除应当载明本法第十七条规定的事项外，还应当载明被派遣劳动者的用工单位以及派遣期限、工作岗位等情况。
劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。
第五十九条 劳务派遣单位派遣劳动者应当与接受以劳务派遣形式用工的单位（以下称用工单位）订立劳务派遣协议。劳务派遣协议应当约定派遣岗位和人员数量、派遣期限、劳动报酬和社会保险费的数额与支付方式以及违反协议的责任。
用工单位应当根据工作岗位的实际需要与劳务派遣单位确定派遣期限，不得将连续用工期限分割订立数个短期劳务派遣协议。
第六十条 劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。
劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。
劳务派遣单位和用工单位不得向被派遣劳动者收取费用。