佛山祖庙的历史可以追溯到北宋元丰年间（1078年~1085年），当时的名称为祖堂，实际上是一个供奉北帝的北帝庙。这个时期，珠三角地区以水乡为主，频繁的水患促使当地人将北帝视为治水的神祇，作为他们的保护神。然而，在明代，祖庙遭受了破坏，洪武5年（1372年）得到了重建，从此开始了官方祭祀的历程。
明朝正统十四年（1449年），朝廷正式封祖堂为灵应祠，并建造了灵应牌坊，象征着祖庙地位的提升，从民间祭祀场所转变为官方祭祀场所。1451年，祖庙在朝廷的资助下扩建，增添了一尊北帝铜像，标志着祖庙规模的扩大。
到了光绪二十五年（1899年），富裕的佛山人慷慨解囊，对祖庙进行了首次大规模的修缮，使其艺术建筑风貌得以保存至今。当时，各行各业的人士纷纷捐赠珍贵物品，如石湾瓦，它们被精心安置在祖庙屋脊上，体现了佛山深厚的文化底蕴。
进入上个世纪70年代初，灵应祠大堂后的庆真楼砖木结构进行了改造，采用混凝土结构，梁诗裕先生回忆说，这是一项耗时一年多，涉及百余人参与的浩大工程。此时，祖庙周围的关帝庙和妈祖庙被拆除，以建设佛山博物馆，因此，用博物馆的标准来评价祖庙的历史价值可能并不全面。
1998年，庆真楼面临危急，经过加固后，它再次被用于使用。佛山祖庙，历经千年的风雨，见证了佛山的历史变迁，至今仍保持着其独特的文化魅力。
佛山祖庙位于广东省佛山市禅城区，祖庙从北宋元丰年间始建，至清代初年，这里逐渐成为一座体系完整、结构严谨、具有浓厚地方特色的庙宇建筑。光绪二十五年祖庙大修，形成今日的祖庙建筑群。佛山祖庙与肇庆悦城龙母庙、广州陈家祠合称为岭南古建筑三大瑰宝，现为国家级重点文物保护单位。祖庙的正殿里庙内还陈设了许多珍贵的艺术品，如70件30种兵器铜墙铁壁仪仗，直径1.31米的巨型铜镜、大型铜鼎、铜钟和香炉。这些陈列品集中反映了明清时期佛山高超的工艺技术。无怪乎，一些前来参观的外国朋友将祖庙誉为“东方民间艺术之宫”。