主要区别在股利，税收，手续不同。
1、股利分起的角度讲，如果A公司入股B公司，A公司入股，收到B股利做为公司的收入，需要缴纳企业所得税，这部分钱再分给A本公司的自然人a，再交个人所得税(企业代扣代缴)。
2、自然人a入股，收到股利，只交个人所得税。
3、公司入股，在股权转让方面，需要投资方委托代表(加盖公司公章)，个人入股，方式相对比较简单，只需出具个人身份证明。
4、A公司可以委托代表参与B公司事务，个人入股可以直接参与。
5、总而言之，公司入股相对手续多一些，个人入股手续少，从税的角度考虑，公司入股双重课税。
扩展资料：
合伙入股注意事项：
1、搞清楚是合伙还是公司，如果是公司，仅仅是股权装让。如果是合伙，还得为你加入之前该合伙的债务承担无限连带责任。
2、财务审计；尤其是债务情况。
签合同不能代表就入股了入股是要做股权变更的，这一点很重要，关于公司合资的具体的法规，找工商或者律师事务所是可以查到的。
3、股东之间必须经过协商签订投资协议的，在协议里要约定好各自投资在公司总股本中的比例，利润分配是按投资形成的股份比例进行分配的。
参考资料：