为提升环境污染治理设施的运营效率和市场规范，依据《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》制定以下规定。
第二章专门针对在中国境内开展的环境污染治理设施运营活动，这一活动包括专门提供污染物处理、处置的社会化有偿服务，或者通过合同承担他人设施的运营管理服务。
第三章强调了国家对于此类运营实行资质许可的必要性。所有希望运营环境污染治理设施的单位必须依据本办法申请资质，并在获得资质证书的指导下开展相关工作。未获许可的单位不得进行此类运营。
第四章详细划分了运营资质类别，如生活污水、工业废水等专业类别，并对自动连续监测设施运营资质区分了乙级和临时资质，其他设施运营资质分为甲、乙级和临时资质三个级别。
第五章规定，国务院环境保护部门负责对环境污染治理设施运营进行统一监管，同时对省级环保部门的运营管理活动进行指导和监督。县级以上地方环保部门则负责对持有运营资质的单位及其运营行为进行监督。
第六章强调了运营人员的培训和考核，所有从事环境污染治理设施运营的现场管理人员和操作人员必须接受国务院环保部门制定的专门培训，并通过考核，省级环保部门负责组织相关培训和考核工作。
为提高环境污染治理设施运营管理水平，维护环境污染治理设施运营市场秩序，根据《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》的规定，制定《环境污染治理设施运营资质许可管理办法。该《办法》经2011年12月30日由环境保护部部务会议审议通过，2012年4月30日中华人民共和国环境保护部令第20号公布。《办法》分总则、申请与审批、运营管理、监督管理、法律责任、附则6章32条，自2012年8月1日起施行。原国家环境保护总局2004年11月8日公布的《环境污染治理设施运营资质许可管理办法》（国家环境保护总局令第23号）同时废止。