著名史学家席泽宗1996年在他的撰文《古希腊与近代科学的诞生》中有这样一句话：“近代自然科学是在反对古希腊文化的激烈斗争中诞生的”，这句话直观的告诉我们古希腊文化和自然科学有联系，说他是批判继承或者背道而驰都是不准确的。单纯从近代自然科学是起源说起，他是起源于文艺复兴时期的欧洲，对自然科学的研究也是从对上帝的研究开始，是在对宗教的研究中逐步完善起来的。从前面这句话看出自然科学是和神学密切联系的，并没有古希腊文化的因素存在，正如席泽宗在撰文中写道“近代科学产生在欧洲并得到迅速发展是由当时当地的条件决定的，不必到1400多年以前的希腊去找原因”。其实仔细一想就会发现，古希腊文化和文艺复兴时期的神学是有联系的，从逻辑上来解释，希腊文化影响了罗马文化，罗马文化影响了早期基督教文化，早期基督教文化自然引出中世纪神学。
中世纪的神学是近代自然科学的起源，然而在这个时期，主流社会推崇神学，古希腊文化不仅没有得到发展，甚至处于一种异端邪说的地位，侥幸的是亚里士多德的物理学、托勒密的天文学以为宗教服务的名义被吸纳到神学系统中，当漫长的中世纪成为历史后，欧洲人开始从亚里士多德和托勒密的思想中追溯古希腊文化，怀古思幽本来无可厚非，但是亚里士多德和托勒密的运气不好，16世纪的欧洲人秉承不破不立的思维路线，向这两位前辈公开进行了学术方面的宣战，最典型的代表就是哥白尼和维萨留斯，前者的《天体运行论》和后者的《人体结构》让近代自然科学大踏步的开始前进起来。
话又说回来，亚里士多德和托勒密的传统思想并不是一无所长，亚里士多德是逻辑理性的奠基人，他提出了关于科学理论结构的思想但是并没有实现这个理论，后世的欧氏几何学和阿基米德定律的提出和完善为亚里士多德的这一思想做了很好的实例，而阿基米德又是试验学的鼻祖，他将数学和试验结合起来，采取了演绎—观察—实验的思路，这实际上是试验学方法论的雏形。还有很多现代自然科学继承古希腊文化的实例，例如经验论哲学家弗兰西斯·培根融合了逻辑理性和实验理性，建立了系统的科学归纳法；唯理论哲学家笛卡尔继承了古希腊以来的直观归纳法、演绎方法和数学方法，创立了假说－演绎法；伽利略在希腊化时代重视经验传统的基础上，创立的实验－数学方法，则是对数学和实验理性的综合运用。
由以上看来，近代自然科学既有对于古希腊科学的扬弃，更有对其理性精神的继承。近代自然科学大厦的方法论基石可以回溯到古希腊找到它的根源。古希腊时代的哲学无论作为古代知识的汇总，还是人类认识自然的方法，隐含了近代自然科学得以发生的因素。正如恩格斯在《自然辩证法》中所说的那样：“在希腊哲学的多种多样的形式中，差不多可以找到以后各种观点的胚胎、萌芽”。
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