1、发行机关不同：
往来台湾通行证：公安机关出入境管理部门。
入台证：台湾当局内政部移民署。
2、申请条件不同
往来台湾通行证：
（1）大陆地区居民因私事前往台湾地区探亲、定居、访友、接受和处理财产，处理婚丧及其他私人事务。
（2）大陆居民应邀前往台湾进行经济、文化、科技、体育、学术等活动或者参加会议、进行两岸事务性商谈、采访，以及执行海峡两岸直航航运任务等。
入台证：
（1）非在校学生年收入证明，年收入必须在12.5万元人民币以上；5万人民币银行定期存款证明，注明冻结期在旅行回来日期后；本人所持大陆银行或金融机构开立核发（白）金卡或（白）金卡证明。
（2）在校生：本人现就读学校的学生证或在校证明；如果申请人年龄在18岁-20岁（含20岁）,需要父母或直系亲属同意书
（3）未成年：不得单独申请台湾自由行个人游，须由直系亲属（只限父母）陪同前往；如户口簿能体现与同行的父母亲关系的，只需提供整本户口簿复印件；如户口簿不能体现与同行的父母亲关系的，则需提供出生证明复印件。
3、有效期不同
大陆居民往来台湾通行证有效期为10年，个人旅游签注（G签注）有效期为6个月，持证人在台湾停留时间自入境台湾次日起不得超过15日。
入台证：入台证有效期为三个月，可以停留最多十五天，但只可以出入境一次，之后要再重新在网上申请。
参考资料来源：百度百科-大陆居民往来台湾通行证
参考资料来源：百度百科-入台证
1、发行机关不同：
往来台湾通行证：公安机关出入境管理部门。
入台证：台湾当局内政部移民署。
2、申请条件不同
往来台湾通行证：
（1）大陆地区居民因私事前往台湾地区探亲、定居、访友、接受和处理财产，处理婚丧及其他私人事务。
（2）大陆居民应邀前往台湾进行经济、文化、科技、体育、学术等活动或者参加会议、进行两岸事务性商谈、采访，以及执行海峡两岸直航航运任务等。
入台证：
（1）非在校学生年收入证明，年收入必须在12.5万元人民币以上；5万人民币银行定期存款证明，注明冻结期在旅行回来日期后；本人所持大陆银行或金融机构开立核发（白）金卡或（白）金卡证明。
（2）在校生：本人现就读学校的学生证或在校证明；如果申请人年龄在18岁-20岁（含20岁）,需要父母或直系亲属同意书
（3）未成年：不得单独申请台湾自由行个人游，须由直系亲属（只限父母）陪同前往；如户口簿能体现与同行的父母亲关系的，只需提供整本户口簿复印件；如户口簿不能体现与同行的父母亲关系的，则需提供出生证明复印件。
3、有效期不同
大陆居民往来台湾通行证有效期为10年，个人旅游签注（G签注）有效期为6个月，持证人在台湾停留时间自入境台湾次日起不得超过15日。
入台证：入台证有效期为三个月，可以停留最多十五天，但只可以出入境一次，之后要再重新在网上申请。
参考资料来源：百度百科-大陆居民往来台湾通行证
参考资料来源：百度百科-入台证
本回答被网友采纳一、发行机关不同：
往来台湾通行证是由中华人民共和国公安机关出入境管理部门发行，用以中国大陆地区居民往来中国台湾地区所持有的证件。
入台证是台湾地区行政当局内政部移民署发给大陆地区（含港澳）居民，用以出入台湾地区的证件。
二、办理程序不同：
往来台湾通行证需向户口所在地公安机关出入境管理机构申请；符合异地办理条件的，可以向居住地公安机关出入境管理机构申请办理。
入台证自参加旅游之日起15个工作日前，需将《来台湾从事自由行个人旅游申请书》送至当地公安局审核。
三、所需材料不同：
往来台湾通行证所需材料：
1、提交填写完整的《大陆居民往来台湾地区申请表》。
2、提交正面免冠蓝底彩色近照2张，规格为33×48mm。
3、交验身份证件。交验申请人有效居民身份证（未满16周岁的除外）、户口簿原件，并提交复印件。
定居国外的中国公民来大陆后申请前往台湾，由暂住地的公安机关出入境管理机构受理。须交验本人有效的《中华人民共和国护照》或《中华人民共和国旅行证》、定居国外的证明，并提交复印件。
代办的，交验代办人居民身份证原件，并提交复印件。
4、交验有效的入台许可证明，并提交复印件。
5、已持有效《大陆居民往来台湾通行证》的，提交证件原件。
6、单位意见。
登记报备的国家工作人员申请前往台湾，须提交所在工作单位意见。
持国务院台办“赴台批件”的人员申请前往台湾，无须提交所在工作单位意见。
7、提交与申请事由相应的证明材料。
（1）应邀前往台湾的，提交国务院台办“赴台批件”原件，或经省、自治区、直辖市政府台办确认盖章的复印件。
在非常住户口所在地申请的，提交工作证明，交验暂住证原件，并提交复印件。
由组团单位代办的，代办人须提交单位介绍信。
（2）经国务院台办经济局审核立项前往台湾进行经贸交流活动的，提交国务院台办经济局“关于应邀往来台湾立项批复”原件。
入台证所需材料：
1、大陆往来台湾通行证：
六个月以上效期之往来台湾通行证+含有台湾旅游签注（申请人自行办理） 。
2、申请表格
（1）来台湾从事自由行个人旅游申请书。
（2）紧急联络人资料表。
（3）台湾个人旅游行程表。
（4）随同亲属名册表。
3、身份证明
（1）身份证正反面复印件。
（2）户口簿整本复印件（到第一页空白页）。
（3）2寸白底彩色照片2张 。
4、紧急联络人
大陆紧急联络人身份证及整本户口簿复印件（须为出行者之直系血亲亲属/兄弟姐妹/配偶）；如配偶作为紧急联络人，除上述二条还需提供夫妻结婚证复印件。
四、有效期不同：
从2015年7月1日起《大陆居民往来台湾通行证》的有效期由原来的五年改为10年。
入台证有单次证、逐次证、一年多次证、三年多次证之分。持有台湾地区护照人士无需申请入台证，持有外国护照人士除非适用免签证，否则应申请台湾签证。持有台湾地区的护照及其他外国护照或旅行证件不可申请入台证。
参考资料来源：百度百科-大陆居民往来台湾通行证
参考资料来源：百度百科-入台证
本回答被网友采纳