根及地下茎类药材，分组将药材的地下部分采收后，按不同大小进行分级，以便于加工，如三七、巴戟，延胡索、浙贝母、白芷等。药用部分采收后，可于河水、塘水、山间流水或自来水洗净泥沙，除去残留枝叶、芦头和须根。亦可不水洗，让其干后泥土自行脱落或待干燥过程中再通过搓、撞除去。对于干后难以去皮的根茎，应趁鲜及时刮去外皮，然后晒干，使颜色洁白，防止变色，如山药、芍药、桔梗、丹皮、半夏等。有的药材需蒸煮才脱皮的，先将根茎洗净后放入沸水中蒸煮几分钟，再捞出刮去外皮，然后漂净晒干，如明党参、珊瑚等。
对于质坚不易干燥的粗大根茎，应在采收后即刻洗净除去残茎和毛须，趁鲜切成薄片晒干，如丹参、大黄、玄参、葛根等。对一些肉质、含水量大的块根、鳞茎类药材，如天冬、百部等，收后宜放入沸水中置片刻，然后再捞出晒干。通过沸水烫，可使细胞内蛋白质疑固，淀粉糊化，破坏酶的活性，促进水分蒸发，利于干燥，并可增加透明度，但要注意水温和时间，以烫至半生不熟为好，过熟则软烂，品质差，如天门冬、百部、廷胡索等。有些药材采收后要进行蒸煮，然后再晒干，如郁金、天麻、玉竹、何首乌。对于一些粉质程度较高而需久存保色的药材，为了保护产品的色泽，在干燥前用硫磺熏蒸，如山药、泽泻、白芷等。熏硫还可加速干燥，防止霉烂。简易的硫磺熏蒸，可在室内熏硫柜或大缸等密闭的容器内进行。根及地下茎类药材除上述一般的加工方法外，有的还有其传统的加工方法，如浙贝母要将鳞茎表皮擦去，加一些石灰，吸出内部水分，才易干燥。又如玄参体积大，晒至五六成干时，须堆积几天，使其“发汗”（即“回潮”），促使内部深层水分向体表转移，以利干燥，经多次反复堆晒，才能完全干透。