“东王令严，军民畏。东王自己威风张扬，不知自忌，一朝之大，是首一人。”这句话出自《李秀成自述》，意思是说东王杨秀清的军令十分严苛，无论军民都十分畏惧。杨秀清行事威风张扬，眼高于顶，不把任何人放在眼里。
第二次是在1852年蓑衣渡战役之后，南王冯云山战死，太平军舟楫尽数被焚，将士纷纷要求回师广西之时，杨秀清力排众议，假借“天父”之口，挥师进入湖南，进而取得道州大捷，一举扭转了太平天国的劣势。
不过，杨秀清控制天国最重要的法宝并不是上面列举的这些职衔，而是代“天父”传言的特权。众所周知，太平天国的最高神祗并不是天王洪秀全，而是虚无缥缈的“天父”，洪秀全只是“天父”的次子。杨秀清拥有代“天父”传言的特权，也就意味着他才是太平天国的最高话事人（一把手）。
当然，杨秀清的特权通常只在关键时刻显露，一般情况下他还是天王眼中的“秀胞”。洪秀全为了遏制杨的特权无限延伸，暗示妹夫萧朝贵获得了代“天兄”传言的特权。另外，南王冯云山是拜上帝教的创教元老，也是杨秀清入教的引荐者，对他拥有极大的震慑力。
1856年，随着清军江南大营的第一次覆灭，杨秀清在天国的个人威望到达巅峰。权力膨胀的作用下，促使他萌生了再进一步的想法：由现在的东王九千岁升级为东王万岁。对此，洪秀全虽然满心不愿，可也架不住“天父”亲临现场的金口玉言，被迫封杨秀清及其子为万岁。但洪秀全却留了一手，表示要等东王生日那天再当众宣谕，并举行盛大的庆典。
韦昌辉接旨后彻夜行军，在天京城外与秦日纲会合。原本他们计划等石达开到后一起入城，然而老奸巨滑的石达开借故拖延，韦昌辉和秦日纲一合计，干脆别等了，杀进城中，勤王保驾要紧。于是，在陈承瑢的接应下，两路人马连夜入城，迅速包围东王府，将杨秀清及家眷护卫杀了个片甲不留。
“韦昌辉与石达开、秦日昌是大齐一心，在家计议起首共事之人，后东王威逼太过，此叁人积怒于心，口顺而心不息。少怒积多，聚成患害，积怒仇深，东、北、翼叁人不和。北、翼二人同心，一怒于东，后被北王将东王杀害。”这话不是我说的，是忠王李秀成在被俘后的自述中说的，意思是说韦、石、秦三人对杨的威逼早有不忿，只是苦于师出无名而不敢妄动。正好天王有旨意让他们锄奸，于是韦昌辉就公报私仇，杀了杨清清。
那么杨秀清跟他们三人之间到底有哪些恩怨呢？先说韦昌辉，他的哥哥因为跟杨秀清的大舅子争抢地盘，杨秀清让韦自行料理。慑于杨的淫威，韦昌辉被迫将哥哥五马分尸处死，由此结下不共戴天之仇。
手握军政大权的杨秀清之所以被洪秀全轻而易举地搞定，主要原因有以下三点：
一.骄横跋扈，四面树敌
杨秀清在掌握天国军政大权之后，不懂得韬光养晦，反而愈发骄横跋扈，残忍刻薄，令韦昌辉、石达开、秦日纲等天国勋臣感到极为愤懑，却又无可奈何，还必须装出一副俯首帖耳的假象来敷衍无所不能的“天父”。
内心沾沾自喜的杨秀清没有料到，无形中他已经成为天国勋贵重臣们一致的公敌。
二.疏于防范，大意轻敌
表现上杨秀清在太平天国可谓号令天下，莫敢不从。可实际上，在一片平静祥和的表象下暗流涌动不止，洪秀全等人对他极为不满，只是敢怒而不敢言。
三.计划缜密，招招封喉
韦、秦二人的锄奸计划尤为缜密，故意在夜间悄悄入城，又是通过佐天侯陈承瑢的接应，消除了东王将士的猜忌。入城后立即包围东王府，将全府上下杀了个片甲不留，防止敌人的反扑行动。真可谓是刀刀见血，招招封喉，杨秀清在根本没有做出反应的情况下，身首异处。