灭活疫苗的缺点为：在灭活过程中有可能损害或改变有效的抗原决定簇；产生的免疫效果维持时间短，不产生局部抗体；可能产生毒性或潜在的对机体不利的免疫反应；需要多次注射，需要抗原量比较大，成本比较高。减毒活疫苗是用弱毒或无毒，但免疫原性强的病原微生物及其代谢产物，经培养繁殖，或接种于动物、鸡胚、组织，细胞生长繁殖后制成的。减毒活疫苗接种于人体后，在适当的组织系统中有限度或短暂地增殖，类似一次轻型的人工自然感染过程，从而引起与传染病相类似的免疫应答，但不会发病。减毒活疫苗在人体内作用时间长，所需接种的次数少，可以产生比较牢固的免疫力。如卡介苗（BCG），预防结核病，特别是预防粟粒型肺结核、结核性脑膜炎）、口服脊髓灰质炎减毒活疫苗（OPV，预防小儿麻痹症）、麻疹减毒活疫苗（MV，预防麻疹），都属于这一类制剂。减毒活疫苗的优点为：所需接种次数比较少，有的减毒活疫苗只需接种1次，类似自然感染的过程；在人体内停留一个时期，可增殖产生大量抗原，从而产生良好的免疫应答效果；免疫效果比较牢固，不仅可以促使全身免疫形成，而且可以产生局部免疫；可以采取自然感染的途径进行接种，免疫效果会更好，如口服脊髓灰质炎减毒活疫苗。缺点是，在人体内有毒力返祖的潜在危险性；可能形成潜在感染或传播；疫苗中有可能污染对人体不利的因子；减毒活疫苗不稳定，不易于保存和运输；病毒可能干扰免疫。灭活疫苗与减毒活疫苗各有优点，也各有其局限性。在选择使用时，要权衡利弊，慎重取舍。
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