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具体审计工作可分为：年度审计计划范围内的项目审计和临时性事项审计。
1.《年度审计计划》范围内项目审计工作流程
(1) 审计处根据主管院长审批的《年度审计计划》，并考虑本部门实际工作情况，安排单项审计开展时间及审计人员。并提前3-5天向被审计单位发出《审计通知》。
(2) 《审计通知》一般以送达或传真的形式发送至被审计单位负责人，如需传真，审计人员应电话通知被审计单位负责人接收《内部审计通知》。
(3) 《审计通知》送达或传真至被审计单位后，审计人员按照通知规定的时间到达被审计单位，进行审计。审计人员到达被审计单位后，让被审计单位负责人在《内部审计通知签收薄》上签名确认。《审计通知》留被审计单位存档，审计人员将《内部审计通知签收薄》带回审计处留存。
(4) 审计人员开展审计工作时若需要学院(除被审计单位外)其他职能部门提供资料以协助审计工作的，审计人员应开具《工作联系单》送交该部门，审计人员将协助提供部门的协助情况记载在《工作联系单回执》上，并交协助提供部门负责人签名确认，审计人员应在“资料接收人”处签名确认，《工作联系单》留协助部门存档，《工作联系单回执》由审计处存档。
(5) 审计调查取证工作中，审计人员在针对具体事项收集证据时应编制《审计取证记录》，并将收集的证据作为《审计取证记录》的附件。《审计取证记录》应由被审计单位或出具证据的单位及人员签章确认，审计人员应在“取证人员签章”处签章确认。
(6) 审计调查取证工作结束后，审计人员应将审计结果在审计报告发出前与被审计单位负责人员进行讨论，争取与被审计单位负责人在对审计发现问题的理解上达成共识。讨论时可将相应的《审计取证记录》作为依据资料供被审计单位查阅。
(7) 审计外勤工作结束后，审计人员应及时撰写审计报告。审计报告打印成文后。向被审计单位负责人送达审计报告征求意见稿，《审计报告征求意见书》应同审计报告征求意见稿同时发出。被审计单位在接收到或应当接收到审计报告征求意见稿及《审计报告征求意见书》后，应在十个工作日内将《审计报告征求意见书回复》送至审计处，超过规定时间视同无异议。
(8) 审计人员收到《审计报告征求意见回复》，应根据《审计报告征求意见回复》内容，考虑是否采纳被审计单位的回复意见，若采纳则考虑是否追加审计取证、修改审计报告等工作，若不采纳则应将被审计单位的回复意见作为审计报告的附件一并报送。
(9) 审计报告正式发送前，审计人员应登记《审计报告发文记录》，编制审计报告文号。装订审计报告，并向报告接收对象报送审计报告。在报送审计报告的同时，审计人员应将《审计报告签收回执》同时送至接收者，并要求审计报告接收者在《审计报告签收回执》上签字确认。
(10) 审计报告正式发出后，审计人员应及时对审计工作底稿、审计取证记录等文件资料进行整理、归档。审计报告归档时，审计人员应按《审计档案》的要求如实、准确的填写审计档案封面及目录。填写完后交审计档案管理人员审核、归档。
2.临时性事项审计(年度审计计划范围外审计项目)
(1) 突发性事项审计(年度审计计划范围外审计项目)是指：审计处在进行年度审计计划范围内项目审计时，因发现新的情况，认为应临时增加的审计项目;学院其他部门因临时性或突发性事件，需要审计处进行审计的项目(如：离任审计)。 (2) 年度审计计划范围外审计项目除了以下几项，其他流程均与年度审计计划范围内审计项相同。
A. 审计处在进行年度审计计划范围内项目审计时，因发现新的情况，认为应临时增加的审计项目，由审计处处长填制《审计项目申请表》，报主管院长审批。
B. 党委组织部或学院其他部门因临时性或突发性事件，需要审计处进行审计的项目(如：离任审计等)，由组织部下达授权通知书或有关部门填制《审计项目申请表》交审计处，由审计处报主管院长审批后方可实施。
C. 审计处在充分考虑本部门实际工作能力，以及对已审批的年度审计计划完成进度造成影响降低至最小时。提前3天向增加审计项目的被审计单位发出《审计通知》。考虑到增加审计项目的特殊性、突发性，审计处也可于审计工作开始当天发出审计通知。
审计的主要程序流程可概括为几下几点：
一、制定审计项目计划
二、审计准备
三、审计实施
四、终结阶段
五、审计流程的延续
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