根据上述职责，市卫生局设14个职能处室和离退休干部处、市中医管理局、市爱国卫生运动委员会办公室。
机构一
（一）办公室
组织协调局机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、信息、督查、信访、新闻宣传、政府信息公开、后勤服务和市政府市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；负责综合性文稿的起草工作；指导卫生系统信息化建设工作；负责相关人大代表建议、政协委员提案的办理工作。
（二）组织人事处（挂统战处牌子）
负责局机关及局属单位组织人事管理、机构编制等工作；拟订全市卫生人才发展规划、政策措施并组织实施；负责卫生技术干部援疆援藏等支援边远地区卫生工作。负责卫生系统统战工作和知识分子工作。
（三）规划财务处（挂审计处牌子）
拟订全市卫生事业发展规划，指导区域卫生规划工作，规划协调并实施全市卫生资源优化配置；指导预算管理单位的财务、内部审计、基本建设、贷款项目、政府采购工作；负责局属单位国有资产监督与管理工作；负责全市卫生统计工作；指导基层卫生体系建设。
（四）卫生应急办公室（挂突发公共卫生事件应急指挥中心牌子）
负责组建和完善全市突发公共卫生事件的监测和预警系统，统一指挥和组织协调有关突发公共卫生事件应急处理工作；拟订我市突发公共卫生事件应急预案，组织预案培训和演练；组织协调全市“120”急救调度指挥、重大生产安全、突发性疾病的救治和意外灾害事故的医疗救援工作；承担突发公共卫生事件应急处置信息的有关工作。
（五）食品安全综合协调处
承担食品安全综合协调工作；拟订食品安全政策和相关的地方性法规、规章草案及卫生规范并组织实施；依法组织开展对食品安全重大事故的查处；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作；承担重大食品安全信息的有关工作。
（六）卫生法制与监督处
起草卫生地方性法规、规章草案；承办相关行政复议和应诉工作；组织实施卫生行政综合执法工作，依法监管传染病、地方病、职业病的防治工作；负责生活饮用水、公共场所和职业卫生、放射卫生、学校卫生的监督管理工作；承担医疗市场监督及医疗机构内医疗废物处置的监管工作，整顿和规范医疗服务市场秩序，查处重大医疗卫生违法案件；承担有关规范性文件的合法性审核工作；参与全市重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
（七）农村卫生管理处（挂农村合作医疗管理办公室牌子）
综合管理农村基本医疗卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关规划、政策措施并组织实施；建立和完善以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度和贫困农民救助制度；监管全市新型农村合作医疗的运行情况；综合协调和指导农村卫生服务体系建设和乡村医生注册及相关管理工作。
机构二
（八）妇幼保健处
拟订全市妇幼保健与生殖健康相关的政策措施；制定并实施有关妇幼保健与生殖健康、提高出生人口素质的改革和发展规划；依法对妇幼保健工作进行全行业监督管理和指导；负责母婴保健技术服务机构和人员资格准入及适宜技术推广；负责全市妇幼保健与生殖健康信息管理工作。
（九）社区卫生管理处
拟订全市社区卫生服务工作相关政策措施，制定准入标准和管理规范；拟订地区社区卫生服务的发展规划并指导实施；研究指导城市基层卫生服务体系的改革；核定社区公共卫生服务项目；负责全市社区卫生服务机构的设置审核、执业登记复核及行业监督管理；负责社区卫生服务机构绩效考核、质量管理及从业人员岗位培训和继续教育；拟订健康教育、健康促进和卫生科普的发展规划、技术标准及政策措施，统筹协调、管理健康教育。
（十）医政与医疗服务监管处
拟订全市医疗机构、采供血机构及医疗技术应用、医疗质量和服务管理等有关的政策、规范、标准并组织、指导实施；承担实施执业医师、护士执业资格制度的有关工作；指导医院感染控制、医疗急救体系建设等工作；负责医疗广告的技术出证；按规定负责医疗机构审批准入的相关事宜；拟订医疗服务监管办法、方案，建立全市医疗质量评价和监管体系；承担推进公立医院管理体制改革工作；参与药品、医疗器械临床试验管理工作；承担全市重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
（十一）疾病控制处（挂地方病防治办公室牌子）
拟订全市重大传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划、免疫规划、政策措施并组织实施；负责全市法定报告传染病疫情的信息报告和管理工作；承担实施突发公共卫生事件的疾病预防控制工作，防止和控制疫情的蔓延。
（十二）基本用药管理处
负责组织医疗机构贯彻执行国家基本药物制度和国家药物政策，组织实施药品法典和国家基本药物目录，拟订全市基本药物目录；管理全市二级以上医院加强院内药事管理工作，指导各县（市）、区加强基层医疗机构规范合理用药，确保用药安全；参与临床药物不良反应监测及有关信息管理工作。
（十三）科技教育与外事处
拟订全市医学科技、卫生教育发展规划；组织督导重大医学科技攻关，指导医学技术创新与科技成果的普及应用工作；实施卫生人才培养规划，组织开展医学继续教育工作；承担开展政府医疗卫生对外交流与合作、项目援助及智力引进工作。
（十四）干部保健处
拟订全市保健工作规划、政策并组织实施；参与全市重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作；负责市保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，指导全市干部保健工作；承担市保健委员会办公室的具体工作。
离退休干部处
负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导局属单位离退休人员的管理服务工作。
市中医管理局（副局级）
贯彻执行国家、省关于发展中医事业的政策和法律法规；制定全市中医发展规划并组织实施；组织实施国家和省制定的中医机构建设标准、技术标准和管理规范；管理中医、中西医结合的医疗、教育、科研及对外交流与合作工作；负责中医信息统计工作；管理中医药、中西医结合人员的技术培训、考核、考试和资格认定工作。
市爱国卫生运动委员会办公室（副局级）
拟订市爱国卫生有关地方性法规、规章、规划和计划并组织实施；组织开展全市爱国卫生活动；负责创建国家卫生城市的组织工作以及城市卫生经常性管理和常规性检查；制定全市“除四害”工作规划和农村改水改厕工作规划并指导实施。
