1965.12.01，经政府批准，成立东莞县中医院，属集体所有制医疗卫生事业单位。暂借他址设门诊部（一门诊）和病床30张，职工28人。 1966年，东莞县人民医院中医科并入，并调进多位中医名家。同年，在东正路设立东门门诊部（二门诊）。 1978年，由政府拨款兴建的东莞县中医院大楼竣工启用，为住院部和门诊部（称三门诊），病床增至80张。 1979年，经上级批准，医院由集体所有制转为全民所有制医疗卫生事业单位。 1981年，以县中医院为主体的东莞县中医学会成立，并挂靠医院开展工作。 1984年，在政府的支持下，新建的运河门诊（一门诊）大楼建成启用，为综合性门诊，并设综合病区25张病床。 1985年，医院成立“老年病防治研究所”，增添人员设备，开展老年病调查研究工作。同年，随县改市制，医院更各为东莞市中医院。 1986年，医院在中兴路搬运站旁设立“中兴门诊部”（称第四门诊部）。 1988年，院部新建六层的住院楼落成使用，病床增至260张。中心门诊（三门诊）增开设口腔、按摩和中医妇科。同年，医院原股级升格为科级单位。 1989年，医院“体外震波肾结石治疗中心”开业。同年，经上级批准，医院升格为副处级医疗卫生事业单位，下设六个科级职能部门。 1993年，进口全身CT扫描仪投入使用，极大地提高医院的诊断水平。 1995年，经上级批复，成立“东莞市中医药研究所”，实行两个牌子，一套班子管理和开展工作。同年，医院被评定为“三级甲等中医医院”、省“广东省示范中医院”。 1997年，医院被省高教厅、卫生厅批准为“广东高等医学院校教学医院”。 2000年，医院引进河南省中医药研究院项目——高血压病辨证分型个体化治疗系统。成立“中医高血压（东莞）医疗中心”，并在步步高门诊（二门诊）开业。 2001年，由市政府拨款及医院自筹部分资金兴建的十二层建筑面积达19000多平方米住院大楼建成使用，病床增至351张。同年，医院“专科、专病、专家”门诊正式应诊。 2002年，美国进口大型设备——核磁共振（MR）安装调试完毕，正式投入使用。 2003年，医院中心门诊（三门诊）改扩建工程完成启用，极大改善工作环境和就医条件。 2004年，医院增设骨四科和儿科病区及门诊，使用病床增至408张。 2005年，医院在东城区开设“怡丰门诊部”，为邻近10多万社区人民服务。
