1、概念不同
财务效益：
财务效益是指项目实施后所获得的营业收入。再细化一点：对于适用增值税的经营性项目，除了营业收入外，其他可得到的增值税返还也应作为补贴收入计入财务效益。对于非经营性项目，财务效益应包括可能获得的各种补贴收入。
经济效益：
经济效益，是通过商品和劳动的对外交换所取得的社会劳动节约，即以尽量少的劳动耗费取得尽量多的经营成果，或者以同等的劳动耗费取得更多的经营成果。
经济效益是资金占用、成本支出与有用生产成果之间的比较。所谓经济效益好，就是资金占用少，成本支出少，有用成果多；提高经济效益对于社会等具有十分重要的意义。
2、评估的目标不同
财务效益:
财务效益评估以企业的净利润为目标。
经济效益：
经济效益评估的目标是对社会福利和国家基本发展目标的贡献及资源有效利用和合理分配。
3、评估的内容和方法不同
财务效益：
财务效益评估的内容和方法比较简单，涉及面较窄，采用企业成本效益分析方法。
经济效益：
经济效益评估的内容较多，方法较复杂，涉及的范围较广，需采用费用效益分析，成本效益分析和多目标综合分析等方法。
区别主要表现在以下几个方面：
对象不同。经济效益的对象是各种经济资料和有关的技术经济资料、经营管理活动效益；而财务效益的对象仅仅是财会资料和财务收支活动效益。
目的不同。经济效益通过审查各种经济资料和技术经济资料，评价单位的经营管理活动是否经济，是否合理，是否有效益，并提出改进意见；而财务效益则审查财会资料是否真实正确，财务收支是否合理合法，达到指定的效益。
职能不同。经济效益具有建设性和防护性职能，以建设性为主；而财务效益具有防护性和建设性职能，以防护性为主。
依据的标准不同。经济效益的标准是有关法律、财经法规和制度，以及计划、目标、定额、技术经济指标、同行业同类指标；财务效益以有关法律、财经法规和制度为标准。
方法不同。经济效益除运用财务方法外，还利用经济数学方法和现代管理方法；财务效益则通过检查、调查和分析等方法，审查会计账薄和财务报表，分析财务指标，以事后效益为主。