在微生物培养和食用菌生产中，常需进行消毒和灭菌操作。消毒和灭菌，都是为了消灭有害微生物，以便获得纯培养。但二者消灭有害微生物的程度和范围不同。因此，消毒和灭菌的概念也就不同。
消毒是指用物理或化学方法消灭某种范围内的有害微生物，保留目的菌。例如，进行食用菌组织分离时，子实体表面必须进行消毒，消灭体表杂菌，以便获得分离物的纯培养。
灭菌是指用物理或化学方法，完全杀死培养基或器物内外的一切微生物，使灭菌对象上的蛋白质完全变性。
食用菌生产中，通常对培养料、接种针、玻璃器皿或金属用具进行湿热灭菌、火焰灭菌、干热灭菌、紫外灭菌或化学药物灭菌处理。而对菌种容器表面、无菌室、栽培室或操作人员的双手进行药液浸、擦消毒、药剂熏蒸消毒或紫外消毒。
消毒是指用物理、化学或生物的方法，将水体中病原微生物灭活，使之减少到可以接受的程度。消毒的目的是使传播媒介无害化，并非是要将所有的微生物全部都杀灭。
而灭菌是指将该系统中所有的微生物，包括病原体与非病原体全都杀灭。
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