根据上述职责，省交通运输厅设13个内设机构：
（一）办公室（与机关党委办公室合署）
负责文电、会务、机要等机关日常工作；承担信息、保密、信访、政务公开、对外宣传等工作；负责机关和指导直属单位的党群、思想政治工作。
（二）政策法规处
指导交通行业体制改革、结构调整等工作；起草有关地方性法规、规章草案和政策措施并监督实施；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承办有关行政复议、行政应诉工作；指导本系统依法行政和普法教育工作。
（三）综合规划处
组织编制综合交通运输体系规划及公路、水路、港口、航道、地方铁路等发展战略、专项规划，承担有关协调工作；参与拟订物流业发展战略和规划，提出相关政策和标准；承担交通基础设施建设项目前期工作、后期评价工作及有关规划、收费公路立项的审核工作；提出中央与地方联合投资、省有关专项资金和相关收费公路项目还贷资金安排建议；参与公路、水路有关交通战备工作和救灾等综合管理工作；承担公路、水路交通行业利用外资工作及对外交流与合作工作。
（四）综合运输处
承担道路运输市场监管及指导城市公共客运的相关工作；组织实施重点物资和紧急客货公路运输；负责省际和省内跨市旅客运输管理以及汽车出入境运输管理；按规定承担物流市场有关管理工作；组织协调道路、水路、地方铁路等多种运输方式的衔接工作；协调中央垂直管理的海事、民航、邮政及铁路等管理机构的涉地相关工作。
（五）基建管理处
承担公路、水路建设市场的监督管理；承担交通基本建设工程质量、造价监督、工程定额管理工作；承担省管建设项目设计、施工许可审查审批和部管项目施工许可审批初审工作；组织国家、省重点交通建设项目的竣工验收；指导公路养护和农村公路建设、管理工作。
（六）地方铁路处
拟订地方铁路建设规划及年度计划；组织编制地方铁路的管理规程和技术规范，承担协调地方铁路之间和地方铁路与国家铁路交接站或换装站接轨事宜；负责地方铁路工程建设市场的监督管理，承担工程质量监督和造价监管工作；拟订地方铁路建设投融资办法。
（七）收费管理处
会同有关部门拟订公路、水路有关规费政策并监督实施；承担收费公路管理及收费站设置、车辆通行费标准以及收费公路权益转让的相关审核工作；协助做好收费公路立项、收费年限的审核及公路收费权质押贷款登记工作；推进收费公路联网收费；承担政府还贷公路“收支两条线”管理及收费公路收费还贷、经营管理行为的监督管理工作；承担清理整顿收费站的相关工作。
（八）安全监督处（应急办公室）
组织拟订交通行业安全生产管理规章制度并监督检查执行情况；指导交通行业安全生产的管理工作，监督落实安全生产责任制；组织、指导交通行业安全生产和应急管理的宣传教育工作；按规定组织或参与交通行业安全生产事故的调查处理工作；承担交通行业安全生产事故统计上报工作；负责机关及指导直属单位的安全、保卫工作。
（九）财务审计处
组织编制部门预、决算；承担交通经费、外汇、信贷等有关工作，会同有关部门管理交通运输专项资金；负责厅管交通资金的拨付及使用监督；负责厅预算缺口的融资管理、拨付及监督使用；负责机关及直属单位的国有资产管理和内部审计工作；办理公路收费权质押贷款登记。
（十）科技处
拟订交通行业科技、教育、信息化发展规划、计划和措施并指导实施；组织重大交通科技项目攻关；配合有关部门加强公路、水路交通无线电管理；指导交通行业环境保护和节能减排工作。
（十一）人事处（与离退休人员服务处合署）
负责机关和指导直属单位的人事管理、机构编制和劳动工资等工作；按规定管理直属单位领导干部；负责机关和指导直属单位离退休人员服务工作。
（十二）交通运输综合执法局
指导、监督全省交通行政执法工作，承担本厅的监督检查、行政处罚和行政强制工作；组织查处重大违法案件，协调跨区域的交通执法工作。
（十三）港航管理局
参与拟订水运和港口发展战略、方针政策和起草地方性法规、规章草案并监督实施；负责水路运政（水运执法除外）和港口行政管理；参与港口规划及建设项目审核，负责对港口公用基础设施的监督管理；负责水路运输、水路运输服务及船舶代理等辅助性业务的行业管理；负责港口及外轮理货、引航等港口辅助业，港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理；协助管理水路运输有关经费的统筹使用，协助组织征收和管理港口行政管理等相关规费；负责组织实施水路重点物资、军事、防洪抢险、紧急客货运输。 广东省公路管理局
工作职责： 副厅级事业单位，归省交通厅管理。其主要任务是：
(一)贯彻执行《中华人民共和国公路法》、《广东省公路路政管理条例》、《广东省高速公路管理条例》等法规，按照国家和省交通主管部门的有关规定，制订具体的公路行业管理制度并组织实施。
(二)参与拟订全省公路发展规划；组织实施经国家和省批准的国道、省道计划。
(三)按照分级分类管理的规定，负责公路建设、改造项目的审核工作；参与省管公路建设、改造项目的竣工验收；具体组织实施国道、省道建设、改造、养护、管理；指导县道、乡道建设。
(四)负责国道、国道主干线、省道的高速公路路政管理，查处违反路政法规行为；监督、指导全省公路路政管理工作。
(五)组织公路养路费等公路规费的征稽。
(六)负责省投资的非经营性收费公路的管理；负责全省收费公路(桥梁、隧道)及收费站(点)设置、调整、撤销的审核工作；负责全省收费公路车辆通行费收费标准的初审工作；对全省公路收费站(点)实施行业管理。
(七)负责公路科技项目成果评审及推广应用等工作，促进公路行业科技进步。
(八)指导公路行业精神文明建设；组织实施创建文明样板路工作。
(九)承办上级主管部门交办的其他事项。
局机关内设11个副处级处（室），核定事业编制136名，其中党委书记、局长各1名、副局长（含党委副书记）5名、总工程师、纪委书记、工会主席各1名，正、副处长（主任）35名。
人员经费从征费的公路规费中安排，实行收支两条线管理，由财政核拨。
广东省航道局
工作职责： 副厅级事业单位，归省交通厅管理。其主要任务是：
(一)贯彻执行《中华人民共和国航道管理条例》、《中华人民共和国航道管理条例实施细则》、《广东省航道管理条例》等法规以及国家、省有关规定和技术标准，拟订具体管理规定并监督执行。
(二)制订航道发展规划，拟订航道技术等级及航标质量技术指标，组织航道建设前期工作、建设计划的实施，负责航道建设的管理。
(三)负责审批与通航有关的拦河、跨(过)河、临河建筑物的通航标准和技术要求，会同有关部门对通航河流进行综合开发和治理，处理水资源综合利用中与航道有关事宜；发布航道通告，实施与航道有关的水文管理。
(四)负责航道及航道设施的保护；制止偷盗、破坏航道设施和侵占、损坏航道行为；依照国家和省有关航道管理的法规规定，查处有关违法违规行为。
(五)负责航道养护费及航道部门管理船闸的船舶过闸费等规费的征收，并依照有关规定使用和管理。
(六)负责有关航道方面利用外资、对外合作与交流工作。
(七)组织开展航道科学研究、先进技术交流和航道科技进步工作，负责本系统职工的技术业务培训工作。
(八)制订本行业人才发展规划，负责本系统的精神文明建设、职工队伍建设；负责本系统二级单位领导班子和后备干部的考核任免等管理工作。
(九)承办省人民政府和上级主管部门交办的其他事项。
局机关内设9个副处级处（室），核定事业编制86名。其中党委书记、局长各1名，副局长3名，总工程师、总会计师、纪委书记、工会主席各1名，正副处长（主任）27名。
人员经费按国家和省的有关规定征收航道规费及省财政补助,实行收支两条线管理（费改税后由财政核拔）。
广东省交通工程质量监督站
工作职责： 正处级事业单位。主要任务：负责交通工程质量安全监督；负责省管交通建设项目工程质量监督和交通工程质量监督工作的行业指导；实施交通工程质量检测、监理机构资质认证和行业管理等。核定事业编制55名，其中站长1名，副站长3名；总工程师1名。人员经费从收取的工程质量监督费中解决，实行收支两条线管理，由财政核拨。行政管理和后勤服务人员在核定的总编制内按不超过20%的比例配备。
广东省交通征费管理中心
工作职责： 正处级事业单位，负责全省交通规费征收相关工作的组织实施，协助交通主管部门建立、推广收费公路“不停车收费系统”，拟订、实施相应的管理规范。核定事业编制17名，其中主任1名，副主任2名。人员经费从征管的规费收入中按规定安排，实行收支两条线管理，由财政核拨。
广东省交通工会委员会
工作职责： 正处级事业单位，事业编制5名。主要职能：领导省公路管理局、省航道局工会及全省所属各市、县基层工会；领导厅机关及厅直属单位工会和省交通汽车运输集团（总公司）及港、航集团（总公司）工会，指导市、县交通工会；受省总工会委托，联系省交通集团有限公司工会和省航运集团有限公司工会。
广东省琼州海峡轮渡运输管理办公室
工作职责： 正处级事业单位。主要任务：负责实施广东、海南两省政府以及两省交通行政主管部门颁布的有关琼州海峡运输管理的行政规章、规范性文件；负责琼州海峡轮渡运力投放的管理，受理本省水路运输企业单位要求经营海峡轮渡运输的申请，并签署初步意见上报省交通行政主管部门审批；协调、处理港航之间从事琼州轮渡运输中的纠纷；组织、指导港航企业做好车船衔接、疏运工作，维护海峡运输秩序；指导港航企业做好生产安全工作。核定事业编制18名，其中主任1名，副主任2名。人员经费从其收取的海安码头交通管理费中解决，实行收支两条线管理，由财政核拨。
广东省交通工程造价管理站
工作职责： 正处级事业单位。主要任务：负责省管交通基建工程项目的估算、概算、标底和结算的审核；负责省管交通基建工程项目造价的管理工作；负责交通基建工程施工定额的测定、搜集、整理和编制工作；提供交通基建工程造价咨询服务等。核定事业编制35名，其中站长1名，副站长2名，总工程师1名。人员经费自筹。
广东省交通运输厅机关服务中心
工作职责： 正处级事业单位。主要任务：承担厅机关的物业、物资设备、环境绿化、爱国卫生、房屋维修、公务用车、交通安全、通信、文印、水电、花工等辅助性、服务性工作。其中主任1名，副主任2名。人员共29名（其中人员经费由财政核拨13名，经费自筹16名）。
广东省交通运输档案信息管理中心
工作职责： 正处级事业单位。主要任务：负责交通信息信系统和通信网络的组织、协调工作；负责建设、推广、维护交通部门办公自动化系统；采集开发交通信息资源，提供交通发展信息分析；负责交通量调查；负责重要交通技术资料和文书档案资料的管理；指导交通企事业单位档案工作。核定事业编制30名，其中主任1名，副主任2名。人员经费由省财政厅从核给交通厅使用的交通规费中统筹解决。
广东省交通运输规划研究中心
工作职责： 正处级事业单位。主要任务：承担交通建设规划、政策法规、协作运输管理、驾驶员培训管理、世行贷款管理等方面的技术性、事务性的具体工作；为交通系统及社会提供交通政策、管理、运输技术方面的引导和咨询服务。核定事业编制50名，其中主任1名，副主任3名，总工程师1名。人员经费自筹。
广东省交通技工学校
工作职责： 原广东省交通技工学校，正处级事业单位。主要任务：培养交通技能技术工种初级人才。核定事业编制200名，其中校长1名、副校长（含党委副书记）2名、纪委书记1名、工会主席1名。人员经费由财政核拨。行政管理和后勤服务人员在核定的总编制内按不超过25%的比例配备。
广东省交通医院
工作职责： 副处级事业单位，在医疗体制改革前仍由省交通厅管理。主要任务：为交通职工和社会提供医疗、保健服务。核定事业编制140名，其中院长1名，副院长3名。人员经费由财政核拨。行政管理和后勤服务人员在核定的总编制内按不超过25%的比例配备。
广东省琼州海峡轮渡车辆运输危险品检测站
工作职责： 不定级别，委托广东省琼州海峡轮渡运输管理办公室管理，负责对琼州海峡广东至海南方向过海滚装车辆进行安全检测工作。核定事业编制35名，其中站长1名，副站长2名。人员经费从交通规费中解决。
