真是曹操下令入狱，在狱中被拷问致死。
《演义》中华佗之死
不过这个和《三国演义》有出入的地方。《演义》中，是曹操厚葬关羽后，患了头疼之病，急招华佗前来救治。华佗提出要根治头疼，需要进行开颅手术，曹操以为华佗要为关羽报仇而故意借机加害于他，于是下令把华佗关入牢狱，急令追问拷打，华佗应该是受不住酷刑，最终身亡。
《三国志》记载
在《三国志方技传》中，关于华佗的记载，除了高超的医术外，对于曹操杀害华佗的原因也有记录。
当时曹操处理事务，结果病情日益加重，于是让华佗专门来检查，华佗检查过后表示，“这病很难治好，需要长年累月不断地进行治疗，可以延长一些寿命。”
既然不能一次根治，需要长时间调养，曹操估计打算让华佗长期留在身边，便于随时治疗。但华佗长期远离家乡，想回去看看，因此借口刚刚得到家信，所以想短时回家一趟。
由于说是短时间，曹操同意了，但华佗到家后，推托妻子有病，多次请求延长留在家中的时间，而没有及时返回。曹操多次用书信召唤，又下诏令华佗所在的郡县征召遣送。但华佗自恃自己的过人医术，又厌恶在曹操手下为其驱使，于是一直不前往。
曹操大怒，也一时不知道华佗妻子真病假病，于是派人前往查看，真病就赐粮食，宽限他在在家的时间；如果是假的，就立即押解回来。后来，华佗被押送到许昌的监狱，经拷问也认罪。
荀彧劝说曹操，华佗的医术过人应放一马，但曹操不同意，说“不忧，天下当无此鼠辈耶？”，意思是不要担心，天下应该还有许多这种医术高超的人，但华佗不听指令，欺骗他曹操，一个鼠辈之人，可有可无。于是“遂考竟佗”，加重了拷打，华佗没撑住，死了。
华佗撰写的医书想交给狱中小吏，小吏怕牵连没敢接，华佗就把书烧了，这里也不同于《演义》里，明确医书叫《青囊书》，小吏接书后，妻子却烧毁的内容。
后来，曹操因为曹冲的死，而追悔当初杀了华佗。所以，华佗真是曹操杀死的。