杭州通行证网上办理流程如下：
1、首先打开微信，关注“杭州交警”公众号；
2、公众号首页点击“微办事”；
3、点击微办事后，点击“货车通行证办理”；
4、按要求依次输入办理内容，输入出发地、输入目的地、输入途经地、选择途经时间起、选择途经时间止、输入运输物品、输入车辆所有人、选择车辆类型、输入车牌号码、输入驾驶人姓名、输入驾驶人驾驶证号、输入手机号等。
网上办理需要时间的，办理时限分为以下两种：
1、普通货车，临时通行证1个工作日，长期通行证3个工作日；
2、危化品车，5个工作日。其中，临时通行证有效期为3天以内，长期通行证有效期为3个月以内。
【法律依据】
《中华人民共和国道路交通安全法》
第三十九条公安机关交通管理部门根据道路和交通流量的具体情况，可以对机动车、非机动车、行人采取疏导、限制通行、禁止通行等措施。遇有大型群众性活动、大范围施工等情况，需要采取限制交通的措施，或者作出与公众的道路交通活动直接有关的决定，应当提前向社会公告。