青阳县农业委员会的机构设置主要包括八个职能科室，这些科室分工明确，承担着农业发展的关键任务：
1. 办公室: 负责委内日常事务处理，包括文书、信息、督查、保密、信访、档案、保卫以及会议组织等工作。负责报告、文件和综合性材料的起草，处理人大代表建议和政协委员提案，组织精神文明建设和机关规章制度的制定与执行。同时，负责人事、劳动工资、机构编制和农业系统职称考核等工作。
2. 财务科: 监督专项资金项目实施，管理委内资金，指导直属单位财务管理，监督国有资产，并进行内部财务监督和审计。
3. 发展计划科: 主导农业和农村经济发展规划，研究中长期计划和年度发展策略，协调产业结构调整，负责重大项目管理和涉外事务，组织农业对外交流，以及农村小康建设相关工作。
4. 科教信息科: 宣传农业政策，制定宣传规划，推动农业科技教育，统筹协调农科教工作，指导农业社团和农民体育，组织继续教育和农业技术培训，负责市场体系和信息体系建设。
5. 产业化指导办: 制定农业产业化政策，指导农业结构调整，负责农业产业化项目管理，参与农业资源调查和保护，负责本系统的安全生产。
6. 农村经济体制与经营管理科: 负责农村土地承包、农民负担、农村财务监管，指导农业社会化服务和农村经济组织建设，负责农村会计培训和农民收入监测。
7. 农村能源办公室: 推广农村能源技术，监督农村能源管理，保护农业生态环境，促进生态农业发展。
8. 茶叶局: 制定茶叶发展政策，组织产品展示展销，负责茶叶产业技术推广和经济协调。
此外，农业委员会还设有二级机构如农业机械管理局、农业技术推广中心等，以及多个常设机构，如新农村建设、农村工作、农业产业化指导、农民负担监管、农村扶贫开发等办公室，共同推动青阳县的农业发展和农村事务管理。