1. 中元古界时期，三清山经历了第一次大海浸，持续约4亿年。在此期间，双桥山群的碎屑岩沉积物堆积，并夹杂有海底火山物质。
2. 在晋宁运动之后，地壳上升，三清山进入地台阶段，地质活动相对稳定。
3. 从10亿年前开始，三清山成为华南洋中的岛弧。经过约9亿年的板块碰撞和对接，该地区形成了Rodinia超大陆的一部分，留下了蛇绿混杂岩带和兰闪石片岩等古洋壳残迹。
4. 约8.3亿至8亿年前，三清山处于裂谷期，经历了Rodinia超大陆的裂解，形成了海相沉积和火山岩建造。
5. 南华纪早期，三清山处于滨海—陆表海的沉积环境中，随后出现了南沱组冰碛岩，指示了古冰川活动的存在。
6. 震旦纪末期，三清山经历了第二次大海浸，海水浸没时间长达1.6亿年，沉积了砂页岩和碳酸盐岩类，并含有海相古生物化石。
7. 奥陶纪末期的造山运动使三清山脱离了海水环境，不再接受沉积。
8. 志留纪早期，三清山仅在东南角边缘部分遭受海水侵袭。
9. 约2亿年前，三清山结束了长期的海洋历史，开始进入内陆发展的新阶段。
10. 侏罗纪晚期至白垩纪，三清山区域内发生了强烈的造山运动，伴随有大规模的酸性岩浆侵入，为三清山的地质构造奠定了基础。
11. 中生代是三清花岗岩成岩、成山的重要时期，奠定了花岗岩地质、地貌和生态的基础。
12. 三叠世印支运动之后，三清山及其相邻地区形成了复式向斜，随后逐渐发展成今日的盆岭地貌。
13. 在燕山期，三清山经历了强烈的陆内造山运动，形成了花岗岩基，山脉开始隆起，并出现了陆相盆地。
14. 晚白垩世，地壳在造山后发生伸展，山脉急剧隆升，花岗岩体暴露地表，形成了山脉与盆地之间的巨大反差。
15. 古近纪至新近纪，地壳相对稳定，山体剥蚀微弱，盆地萎缩，缺失沉积。
16. 第四纪期间，地壳波浪状缓慢抬升，三清山保留了夷平面和阶地，差异升降作用沿部分断裂发生，三清山在这一时期形成了独特的峰林景观。
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