由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
违法建筑的认定依据主要为《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》。违章建筑指违反法律规定而建成的建筑物、构筑物等工程设施；“违反规划违法建筑”，指违反规划管理方面的法律法规而建成的建筑物、构筑物等工程设施。
违法建筑认定标准：
（一）占用已规划为公共场所、公共设施用地或公共绿化用地的建筑；
（二）不按批准的设计图纸施工的建筑；
（三）擅自改建、加建的建筑；
（四）农村经济组织的非农建设用地或村民自用宅基地非法转让兴建的建筑；特区内城市化的居民委员会或股份合作公司的非农业用地非法转让兴建的建筑；
（五）农村经济组织的非农业用地或村民自用宅基地违反城市规划或超过市政府规定标准的建筑；
（六）擅自改变工业厂房、住宅和其他建筑物使用功能的建筑；
（七）逾期未拆除的临时建筑；
（八）违反法律、法规有关规定的其他建筑。
违章建筑的情况在城镇地区和农村地区非常常见，这是因为城镇地区和农村地区的土地资源一般比较丰富，而且人们的法律意识比较薄弱，会因为自己的一时方便占用一些土地，不过随着土地管理的深入法律知识的普及，这种情况会越来越少。
非法占用土地的处罚方式主要包括：
（一）责令退还非法占用的土地。即将非法占用的土地恢复到占用以前的状态，如果非法占用的土地是公共用地或未确定给单位和个人使用的国有土地的，要恢复到占用以前的原貌；如果非法占用的土地是其他单位和个人使用的国有土地的，要将非法占用的土地退还原使用者，由此而给原使用者造成损失的，可以依法追究违法使用者的民事责任；如果非法占用的土地是农民集体经济组织的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当责令其交还原农民集体经济组织。
（二）限期拆除新建的建筑物和其他设施。
如果在非法占用的农用地上新建了建筑物和其他设施的，并且这些建筑物和其他设施是违反土地利用总体规划的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当责令违法者在一定期限内予以拆除，恢复土地原状。
（三）没收新建的建筑物和其他设施。
如果在非法占用的土地新建的建筑物和其他设施是符合土地利用总体规划的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当予以没收。
（四）罚款。
对非法占用土地的，除采取上述处罚措施以外，还可以对当事人处以罚款，但罚款是选择性适用条款，是否给予罚款，由土地行政主管部门根据违法情节而定，至于罚款的具体幅度和标准，应由《土地管理法实施条例》作出明确规定。对非法占用土地的，对当事人处以罚款。
（五）行政处分。
给予行政处分的对象是非法占地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员。给予行政处分的依据是《国务院关于行政机关工作人员奖惩暂行规定》和《企业职工奖惩条例》。行使行政处分的机关是有关责任人员的所在单位或者上级机关。
（六）刑事责任。
主要是指非法占用土地的行为情节严重，触犯《中华人民共和国刑法》第三百四十二条时，行为人应当承担刑事法律责仃，包括有期徒刑或者拘役、单处或者并处罚金等。
【法律依据】：
《中华人民共和国土地管理法》
第七十八条
农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。
《中华人民共和国城乡规划法》
第六十四条
未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
第六十五条
在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
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