基因频率会否改变是有前提的。
只有在一个数量足够大、没有自然选择（即没有外界环境变化干扰）、已达遗传平衡状态的理想种群，其基因频率才不会发生改变。
例如人体的X染色体非同源区段上有一对基因A和a，A基因频率设为p，a基因频率设为q。人群中随机交配，可直接用基因频率进行计算。子代中表现型的比例如图所示：
你可以通过上图计算出，男性子代中A基因和a基因的频率保持为p和q，女性子代中A基因和a基因的频率保持为p和q，子代中A基因和a基因的频率还是保持为p和q。证明在遗传平衡的种群中，伴性基因的频率也是不变的。
你所假设的题目为什么计算不出来？——很简单的道理，就是你假设的题目，个体数目太少，配子比例不稳定，不属于遗传平衡的理想种群。
追问A基因频率不是应该把男女的算在一起么？哈温遗传平衡我知道，但是题干就是很少的亲本，答案直接利用子代和亲代的基因频率相同，我是计算配子算后代。结果不同。（原题XAXa3只，XaXa3只XAY2只，XaY2只，我计算的如果亲本雌雄比例不同，子代与亲代基因频率不同。）
追答该题应该是指这几个亲本间进行随机交配吧。这时不是说亲子基因频率是否会改变，而是应用亲本的基因频率，直接推算后代的频率。
根据亲本的组合，雌性个体含XA 3，Xa 9，所以各占1/4 和 3/4； 雄性个体的XA和Xa比例是1 : 1。
所以子代情况是：
你如果用亲本组合情况计算不出来的话，可能是组合及比例不齐全。
4种组合产生的XAY的比例累加，1/16 + 1/16 + 0 + 0 = 1/8，和上图结果一致。其他子代基因型同理。得证。
由于亲本个数有限，所以子代的基因频率就算和亲本不同，也是正常的（特别是两对或以上的基因组合）。
你这么算的结果和我算的是一样的，三分之二。
答案是直接把亲代的基因频率等同为子代（结果十六分之十一）
原题答案
XaXa三只， XAY2只
XAXa三只， XaY2只
则a基因频率为（6+3+2）÷（6+6+4）=十六分之十一
雌雄比例不同，为什么可以这样直接等同？
我只是不清楚为什么可以直接等同。通过随机交配和配子计算结果都是三分之二。
你这么算的结果和我算的是一样的，三分之二。
答案是直接把亲代的基因频率等同为子代（结果十六分之十一）
原题答案
XaXa三只， XAY2只
XAXa三只， XaY2只
则a基因频率为（6+3+2）÷（6+6+4）=十六分之十一
雌雄比例不同，为什么可以这样直接等同？
我只是不清楚为什么可以直接等同。通过随机交配和配子计算结果都是三分之二。
我可能理解错了你的题目。你只是想计算 “XAXa 3只，XaXa 3只，XAY 2只，XaY 2只” 中的基因频率吗？
种群当中的基因频率是指 某种基因（如XA）占全部等位基因（XA、Xa的总和）之比。
我刚才所算的，不是整个群体（PS：把这几个个体叫做种群，我觉得有点怪）的基因频率，而是雌雄个体产生的配子比例！这是两个完全不同的概念。
我以为你是想通过这些亲本计算后代的基因频率。但通过比例来计算基因频率的话，只适用于后代数目足够大，性别比例等符合自然状态等情况才适用。如果这几个亲本产生足够多的后代的话，其基因频率的确可以直接用子代比例来进行推测分析。
“a基因频率为（6+3+2）÷（6+6+4）=十六分之十一”
——但是，如果你只是计算这10个个体的基因频率的话，你的式子并没错。因为这些个体中，Xa总共只有6+3+2 = 11个（以基因型为单位进行计算），XA与Xa的个数总和为6+6+4 = 16个。
的确只能这样进行计算。因为你这几个个体的雌雄比例不属于正常情况。
（但这几个个体理论上很难称为一个种群，所以用几个个体来计算基因频率是不适当的。）
我说的好像不清楚，题干是问子代中a的基因频率，随机交配。为什么不能用配子计算？
追答按我现在的理解，你是想知道：
“XAXa 3只，XaXa 3只，XAY 2只，XaY 2只 共10只个体组成亲代，然后它们随机交配产生若干后代（数量足够多为前提），求后代的基因频率。此时，亲本的A、a基因频率是否与子代的基因频率是否有差异？”
【解答】
有差异！
亲本有具体数量，必须用具体的数目来计算，此时亲本中Xa的基因频率为11/16。（PS：还是那句，几只个体不可能代表一个群体，此题目本身已有问题。）
而后代的数量足够多（达到理论上的平衡）前提下，可以用比例进行计算。此时，根据上图（中间那张）随机交配子代的Xa基因频率，的确是 2/3 ！你计算得非常准确。
如果所谓的标准答案是沿用亲代Xa的基因频率，那就是它错了，你才是对的！
（但这是基于后代数量足够多的前提下的。如果题目直接给出个体的具体数目就不能这样计算。）
假设XAXa个体2只，XaXa个体2只，XAY和XaY各1只。a基因频率为多少？适合度不改变。