日本人是由日本诸岛的土著居民绳文人和从朝鲜半岛远渡而来的弥生人不断混血传承的。
一支由东京大学和综合研究生院大学等构成的研究队伍在2012年10月31日联合发表了这一研究结果，该团队在至今已经公开的日本本土绳文人、亚洲人和西方人等约460人的DNA数据上追加分析了矮奴和冲绳人等71人的数据。矮奴是从公元前5世纪起就一直居住在北海道等东北部地区的日本原始居民。
分析结果表明矮奴从遗传学上和冲绳人最为接近，其次是日本本土绳文人、韩国人和中国人。同时也表明绳文人从遗传学上来看，要比矮奴和冲绳人更接近于韩国人和中国人。
这也就意味着自3000年前起，在日本列岛的绳文人就不断与来自东亚大陆（主要经过朝鲜半岛）的弥生人进行混血，相反南北相望的北海道和冲绳地区的人之间的混血就进行缓慢。所以，在这些地区当地人的遗传特征保存下来得就相对多一些。