我国物流运输存在多个问题，首先，系统效率和成本与发达国家相比差距明显。每万元GDP产生的运输量我国为4972吨公里，而美国和日本分别为870吨公里和700吨公里，显示出我国在周转速度和产业化方面的不足。其次，物流环节衔接不畅，如货运汽车的生产率，中国仅为美国的六分之一，运营速度也普遍较低，且高效运输方式的比重不高，导致货物在途时间和储存时间过长。
物流成本高企，据调研，物流费用占商品总成本20-40%，每年因包装、装卸、运输和保管不善造成的损失庞大，公路货运空驶率高，铁路和水运能力与市场需求不匹配，使得商品损失严重。物流设施的配套性和兼容性也存在问题，我国的运输网络密度远低于发达国家，物流基础设施建设缺乏协调，制约了物流系统的整体效能。
传统的条块分割和多头管理模式导致物流基础设施的规划和建设缺乏统一，综合性货运枢纽和物流中心建设进展缓慢，各运输方式之间缺乏有效衔接。技术装备水平低下，仓库主要为普通平房，搬运工具和运输车辆现代化程度不高，物流信息软件性能和标准化建设也相对滞后。最后，管理体制和机制的障碍，如行业分割、部门利益驱动和地方保护主义，影响了物流业的全面发展和协调管理。
物流运输技术主要包括运输设施和运输作业两大类，前者属于运输硬技术，后者属于运输软技术。运输硬技术主要包括运输基础设施，如公路，铁路，海运，运输车等基础设施的完善，运输软技术则包括管理方法，物流技术，物流人员素养等。