补充协议作为主合同的附属合同，一般情况下，补充协议也会随着主合同的终止而终止。但是根据我国民法典第566条的规定，合同权利义务终止，并不意味着清算和结算条款也会随之终止。换句话说，如果补充协议是合同中清算或者结算的条款，这时候就算主合同已经终止，补充协议也不会随着主合同的终止而终止。这主要是为了保护合同双方当事人，在合同终止之后的权利义务清算关系。只有双方已经清算完所有的权利义务之后，所有涉及的合同才正式终止。同时需要注意的是，根据我国民法典的规定，就算合同已经终止，双方仍然需要遵循合同法诚实信用的原则。
《中华人民共和国民法典》
第五百六十六条 合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。
合同因违约解除的，解除权人可以请求违约方承担违约责任，但是当事人另有约定的除外。
主合同解除后，担保人对债务人应当承担的民事责任仍应当承担担保责任，但是担保合同另有约定的除外。
第五百六十七条 合同的权利义务关系终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。