清华大学生物科学与技术系在科研与人才培养方面取得了显著的成就。该系被授予了多项重要荣誉，其中包括“全国理科(生物学)基础科学研究与教学人才培养基地”和“国家生命科学与技术人才培养基地”。这个基地连续多年被评为“全国理科(生物学)基础科学人才培养优秀基地”，展示了其在基础科学教育领域的卓越表现。
在2004至2006年间，生物系的“国家生命科学与生物技术人才培养基地”在教育部的年度评估中均被评为优秀，这进一步证明了其在人才培养方面的高质量和高水平。2006年，生物系实验教学中心更是被教育部认定为首批国家级实验教学示范中心，凸显了其在实验教学方面的领先地位。
清华大学生物系还拥有多个国家级和部级实验室，包括“生物膜与膜生物工程”国家重点实验室(分室)、“蛋白质科学”教育部重点实验室、“生物信息学”教育部重点实验室，以及“蛋白质药物”北京市重点实验室和国家工程研究实验室。这些实验室在生物膜研究、蛋白质科学和生物信息学等领域进行前沿探索，为科研和教育提供了强大的支撑。
此外，生物系还与跨系单位共同运营生物芯片北京国家工程研究中心，这进一步增强了其在生物技术领域的综合实力。这些荣誉和设施无疑提升了清华大学生物科学与技术系在全球学术界的影响力和地位。
清华大学生物系创立于1926年，是我国近代较早开展生物学教育和科学研究基地之一，曾为我国培养了一大批知名的生物学家，中国科学院生物学部的院士中有30余位曾就读于清华大学或在清华大学工作过。1952年全国高等院校院系调整时清华大学生物学并入其它院校，致使清华大学的生命科学研究与教学一度中断。1984年恢复建系，并更名为生物科学与技术系，简称生物系。