最后结局是阿尔制成了贤者之石，爱得华在地下城和ENVI决战结果被ENVI杀死了，ENVI为找光之霍恩海姆去了我们的世界，阿尔用自己复活了爱得华，爱得华复活后又以自己做为代价复活了阿尔，而爱得华也通过真实之门去了我们的世界，一条手臂和一条腿仍然被机器所替代，他和霍恩海姆生活在一起。阿尔复活后失去了和哥哥4年的冒险记忆，不过仍然坚信能在某天和哥哥重逢。
最后的结局爱得华和阿尔在两个不同的世界同时向天空举起拳头~~
上面这个是TV版51集的结局，但不是最后的。
去看剧场版<<香巴拉的征服者>>那就是最后的结局
爱德华在门的那一边(就是我们的世界)与爸爸生活在一起,而阿尔却在这一边(就是他们的世界).他虽失去了所有炼成妈妈之后的记忆但仍然不放弃寻找哥哥的道路.
终于我们世界的人发现了爱德华他们的世界并称其为香巴拉,我们世界的人怕以后会遭到香巴拉世界的人的侵略就准备先入为主进入香巴拉并把这个城市灭了.于是我们世界的人开始造火箭并开始寻找基拉变成的大龙,用大龙的血进行炼成可以开启去香巴拉的大门,爱德华的爸爸为了两个儿子可以相见也去帮我们世界的人搞研究.最后他开启了门自己也牺牲了,爱德华也在好朋友(一个长的超像阿尔的人)的帮助下成功的回到了自己的世界,一回来就看到了温丽,温丽迅速的为他装上了最新的机械铠,一会又见到了弟弟,他两为了保护自己的世界不受我们的世界的人的侵犯马上开始了战斗.最后终于把头头给解决掉了,好不容易相见的兄弟却又要分开,爱德华为了让自己的世界不再受到侵犯决定回到我们的世界在这一边毁掉门,让弟弟在香巴拉这边毁掉门.
爱德华回到了我们的世界,一个再也见不到弟弟,再也不能使用炼金术的世界.他毁掉了门以为再也见不到弟弟的他发现角落里一副不起眼的盔甲在动,不一会弟弟就跳了出来.原来爱德华走后大佐让阿尔跟去,他来毁掉门.
这个是最后的结局。
温莉有一句台词：“这次，他连说个再见的机会也不给我了。。。”
伤心啊，钢炼动画也就这么完结了。
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