尽管矩阵式管理在企业中日益受到青睐，但其复杂性所带来的挑战也不容忽视。矩阵结构的缺点主要体现在两个方面：
首先，矩阵主管的管理难题在于如何有效协调下属。由于员工接受双重领导，可能会出现管理真空，个别员工可能利用机会逃避责任。职能主管和项目主管需要密切合作，职能主管关注员工技术能力，项目主管则关注项目执行和绩效。然而，这需要大量的沟通、耐心和团队协作技巧，对矩阵管理者提出了高要求。
其次，员工的双重忠诚带来压力。当产品经理和职能经理的指令冲突时，员工需要在两者间做出决策，维护良好的关系，同时展现对两位主管的尊重。这种压力可能导致员工的焦虑和工作满意度下降。
在管理层面，矩阵组织的困难在于确保地区部门与业务部门之间的有效沟通和协作。这种关系直接影响到对外部客户的服务质量和公司的决策能力。任何沟通断裂都可能导致承诺无法兑现，对IBM等企业而言，组织结构调整是应对环境和战略变化的必要手段。
总的来说，矩阵组织结构并非适合所有企业，它的成功依赖于内部各部门的紧密配合和高效的沟通。每个企业都应根据自身的环境、规模和战略选择最适合的组织结构，否则可能阻碍企业的发展。在瞬息万变的商业环境中，灵活调整和适应是关键。
矩阵式管理也称系统式或多维式管理，是相对于那种传统的按照生产、财务、销售、工程等设置的一维式管理而言的。“矩阵”是借用数学上的概念。矩阵式管理主要是将管理部门分为两种，一种是传统的职能部门，另一种是为完成某一项专门任务而由各职能部门派人联合组成的专门小组，并指定专门负责人领导，任务完成后，该小组成员就各回原部门。