车辆问题分析：
新车飞度行驶仅五千公里就遇到变速箱抖动，可能涉及以下几点原因：
1. 离合器故障: 离合器作为发动机和变速箱之间的关键连接，其损坏直接导致动力传输不稳，引发抖动现象。
2. 变速箱齿轮损坏: 变速箱的运行依赖于不同大小齿轮的精确配合，任何齿轮的损坏都会引起车辆抖动，影响行驶平稳性。
3. 变速箱油质问题: 优质的变速箱油对保持其正常运作至关重要，油质变质可能导致润滑不足，引发抖动。
4. 自动变速箱油路或电控系统故障: 自动变速箱的油路或电子控制系统出现故障，同样会使车辆在行驶中出现不稳定的抖动。
鉴于以上情况，强烈建议车主及时将车辆送至专业的汽车维修店进行详细检查和维修，以确保行车安全，避免潜在的风险扩大。