益生菌的主要作用是调节肠道菌群，维持肠道菌群的正常状态，因此服用益生菌主要针对消化系统方面的疾病：
益生菌在改善消化方面有双向调节的作用，因此宝宝便秘或者腹泻都可以使用益生菌进行干预。
益生菌还可以抑制肠道细菌感染。
可以促进肠道对营养物质的消化和吸收，利于宝宝生长。
适当补充肠道益生菌可以增强宝宝免疫力。
双歧杆菌、枯草杆菌、布拉氏酵母菌、酪酸梭菌都是有益于婴幼儿肠道菌群建立和恢复的的益生菌。但是，随年龄增长，宝宝的肠道功能也会逐渐增强，如果一直服用益生菌会使肠道造成对益生菌的依赖，而自身调节功能得不到锻炼，所以，最好只是在宝宝出现消化系统问题的时候服用。