员工违规操作并不会影响工伤的认定，因此可以按正常流程进行工伤申报。在工伤认定后，再进行劳动能力鉴定。属于工伤的，先申报工伤事故认定，根据伤残鉴定等级结果和受伤者收入水平及个人等因素，才能确定具体赔偿项目和金额，而后再协商，无法达成一致的，可以诉讼解决。
《工伤保险条例》第十四条
职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：
（一)在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；
（二)工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；
（三)在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；
（四)患职业病的；
（五)因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；
（六)在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；
（七)法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。