一、散热不同：
1.Z390A采用的是高效静音散热Stack Cool 2是华硕专利的无风扇高效静音散热技术。通过特制的PCB（印刷电路板）的生产技术，有效将电脑中主要组件散发出的热量传递至主板背部，达到高效的散热。
2.Z390E采用的是传统的风扇型散热，散热声音较大散热较慢。
二、运行通道不同：
1.Z390A采用的是双通道DDR2 800DDR2是新一代内存技术，将取代DDR。DDR2以高达800MHz的速度极大提升3D显示的性能，适用于高负荷计算环境。
2.Z390E采用的是单通道DDR 800DDR。相对DDR2速度不够快，处理更慢。
三、操作系统不同
1.Z390A在进入操作系统前从USB闪盘轻松更新BIOS，EZ Flash 2让您轻易地更新BIOS，只要按下预设的热键，即能启动这项功能，并在进入系统前，从USB闪盘撷取数据更新BIOS。您只要按几次按键，就可以更新BIOS，而不需要软驱或操作系统中的额外Flash软件。
扩展资料：
一、华硕主板：
1.华硕P5B主板采用Intel P965/ICH8芯片组设计，支持800/1066MHZ前端总线设计，采用LGA775接口处理器。支持双通道DDR2800内存，主板提供4个DIMM插槽。提供PCI-E总线显卡插槽。提供4个SATA接口，板载第三方磁盘控制芯片提供额外PATA接口。板载网络接口。
2.在其他方面，此主板的配置也是上乘之做。它提供了4条DIMM内存插槽，最大支持 8GB的DDR2 800/667/533 MHz规格内存，且具有non-ECC，un-buffered memory等智能技术。在超频时能够保证整机运行的强劲性能以及另外的稳定性。
3.内存支持双通道并采用黑、黄两种颜色来标识组建双通道的顺序。
参考资料：百度百科——华硕主板