主要区别有，地理位置不同、规模不同、历史不同，具体如下：
一、地理位置不同
1、东莞站
位于东莞市石龙镇西湖区环湖西路西南侧。
2、东莞东站
位于东莞市常平镇麦元村常东路与东站路交叉口西北侧400米处。
二、规模不同
1、东莞站
建筑面积3.74万平方米（截至2018年7月），候车厅面积1.984万平方米，站台规模为3台8线（截至2018年7月），设计最高日均旅客发送量6万人次。
2、东莞东站
2.3万平方米（截至2018年7月），候车室面积9390平方米，站台规模为3台8线（截至2018年7月）车站日均发送旅客可达5至6万人次。
三、历史不同
1、东莞站
清宣统三年（1911年），广九铁路的常平站建成通车，1997年12月31日，常平站改名为东莞站， 2013年，原东莞站更名为常平站，2014年1月8日，迁址新建的东莞站正式投入使用。
2、东莞东站
始建于1990年，于1991建成运营，初称常平东站， 1997年更名为东莞东站，2012年至2014年进行扩建改造；2015年1月8日，新站房投入使用。
参考资料来源：百度百科-东莞站
参考资料来源：百度百科-东莞东站
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