事业单位会计制度虽然在一定程度上与企业单位会计制度相近，但还是存在较多的差异，这也是由事业单位和企业单位的性质不同而决定的。概括来讲，两种制度存在下面十六个不同点：
(1)部分会计信息质量要求是不同的。企业会计，基于“企业应当按照交易或者事项的经济实质对会计确认、计量和报告，不应仅以法律形式的交易或事件”，其实质重于形式原则。根据“企业提供的会计信息应当反映与企业财务状况、经营成果和现金流量有关的所有重要交易或者事项”，是表现的重要性原则。根据“企业对交易或者事项会计确认、计量和报告应当保持应有的谨慎，不应高估资产或者收益、低估负债或者费用”，其表现的是谨慎性原则。而且事业单位要求的是“事业单位应当以实际发生的经济业务或者事项为依据进行会计核算，如实反映各项会计要素的情况和结果，保证会计信息真实可靠”，其表现的是全面性，这是企业会计所没有的。
(2)会计核算基础不同。在企业会计，根据“企业应当以权责发生制为基础的会计确认、计量和报告”的规定，企业采用权责发生制。事业单位，根据“业务单元与一般使用收付实现制，部分经济业务或活动使用权责发生制，具体规定在会计系统。由财政部工业企业采用权责发生制，在指定的财政部进行规定”企业一般使用收付实现制，部分经济业务或活动使用权责发生制，具体规定由财政部确定。由于不同的会计基础，收入和支出反映的内容也是不同的。事业单位反映收入在一个财政年度收入实际收到。收入按部门分类：财政补助收入、业务收入、较高收入补贴，下属单位收入，营业收入和其他收入。事业单位反映支出，它是在一个会计年度发生实际的支出根据功能类：业务支出，到下属单位补贴开支和支付更高的支出、管理和其他费用。
(3)会计要素的内容不同。企业会计中，会计要素由资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润组成。事业单位会计中，会计要素由资产、负债、收入、支出或者费用、净资产组成。
(4)对投资的分类不同。企业会计对投资的分类是按照投资项目不同进行的。主要分为：交易性金融资产、持有至到期投资、贷款和应收款项、可供出售金融资产等。事业单位会计对投资的分类是按持有投资时间不同分类。主要分为一年以内的短期投资和一年以上的长期投资。
(5)现金的盘盈与盘亏处理不同。在企业会计中，现金盘盈，一般是按照报批前和批后进行处理的，分为待处理财产损溢的账户核算和不同情况分别贷记营业外收入、其他应付款。现金的盘亏，一般按照报批前和报批后进行处理，分为待处理财产损溢账户核算和不同情况分别借记管理费用、其他应收款。在事业单位会计中，现金的盘盈，一般不按照报批前和报批后进行处理。而是直接贷记其他收入。现金的盘亏，一般不按照报批前和报批后进行处理，而是直接借记其他支出。
(6)存货的盘盈与盘亏处理不同。存货的盘盈和盘亏往往跟现金相似，在企业会计中，存货盘盈，一般是按照报批前和批后进行处理的，分为待处理财产损溢的账户核算和不同情况分别贷记管理费用、其他应付款。存货的盘亏，一般按照报批前和报批后进行处理，分为待处理财产损溢账户核算和不同情况分别借记管理费用、其他应收款、营业外支出。在事业单位会计中，存货的盘盈，一般不按照报批前和报批后进行处理，而是直接贷记其他收入。存货的盘亏，一般不按照报批前和报批后进行处理，而是直接借记其他支出。
(7)固定资产盘亏和盘盈的处理不同。固定资产的盘亏处理往往跟现金也很相似，在企业会计中，固定资产的盘亏处理，一般是按照已提折旧，借记累计折旧科目。报经批准予以处置时，按照企业在财产清查中盘亏的固定资产。固定资产转入待处理资产的时候。按照通过“待处理财产损溢——待处理固定资产损溢”科目核算。盘亏造成的损失，通过“营业外支出——盘亏损失”科目核算，并且计入当期损益。在事业单位会计中，固定资产的盘亏处理，一般按照转入待处理资产，并按照待处置固定资产的账面价值，借记“待处理资产损溢”科目。然后按照固定资产的账面余额，贷记本科目。进行报批予以处理的时候，处置资产对应的非流动资产基金。借记“非流动资产基金——固定资产”科目，贷记“待处理资产损溢”科目。企业在财产清查中，固定资产盘盈，作为前期差错处理。固定资产盘盈通过“以前年度损益调整”科目核算。事业单位会计，固定资产的盘盈，根据市场价格的相同或类似的固定资产，并据此来确定成本;无法确定市场价值的时候，按照名义金额入账。盘盈的固定资产，按照确定的入账价值。借记“固定资产”科目，贷记为“非流动资产基金——固定资产”科目。
(8)涉及税金账户名称不同。企业会计中与“应交税金”账户，而事业单位会计中税费计算有关的一般使用“应缴税费”账户。
(9)关于累计折旧的计算及会计处理不同。企业会计累积折旧，一般选用年限平均法、工作量法、双倍余额递减法和年数总和法。并且在进行计算的时候，需要考虑到预计净残值。会计处理是：借记管理费用或制造费用，贷记累计折旧。事业单位会计累积折旧，一般选用年限平均法或工作量法，对预计净残值不予考虑。会计处理是：借记非流动资产基金——固定资产，贷记累计折旧。
(10)存货的发出处理不同。企业会计对发出存货，计入营业成本。事业单位会计将发出存货，计入营业支出或事业支出。
(11)存货的期末计量不同。存货的期末计量不同，主要在企业会计中，当存货成本低于可变现净值时，存货按照成本来衡量。当成本是高于可变现净值时，根据可变净值进行计量，其中，根据成本之间的差额是高于可变现净值为存货，计量存货跌价，将此计入到当期的损益中去。但是此类情况在事业单位会计中是不存在的。
(12)对无形资产的摊销账务处理不同。在企业会计中，摊销无形资产，分为两种类型：有限和无限的。根据无形资产的准则，其使用寿命有限，应系统地进行摊销金额，摊销金额的方式较多，主要有：直线法，总生产方法等。账务处理是借记“管理费用”，贷记“累计摊销。使用寿命不确定的无形资产，不需要摊销在持有期。残值的确定需要根据市场情况确定的无形资产的生命的终结。事业单位会计中，规定应当采用年限平均法进行摊销金额的方式。其账务处理是借记“非流动资产基金——无形资产”，贷记“无形资产”。残值并没有相应的详细的规定。
(13)对资产的处置结果的处理不同。企业会计中对存货的处置：在结转成本时，一般应计入营业成本。会计处理是借记“主营业务成本”或“其他业务成本”，贷记“库存商品”或“原材料”等。事业单位会计中则在处置资产时，需要表明收入和费用。对于费用的处理借记“待处置资产损溢——处置净收入”，贷记“库存现金(银行存款)”;收入的处理，则作相反的会计反映，同时还应计算二者差额。
(14)固定资产、无形资产、长期投资等非流动资产购进业务的处理不同。企业会计中在固定资产等购进时，作一笔分录。借记“固定资产”等科目，贷记“银行存款”科目等。事业单位会计中，要作双分录，一是借记“固定资产”科目，贷记“非流动资产基金——固定资产等”科目;二是作借记“事业支出”、“经营支出”等。
(15)期末结转不同。企业会计期末结转时，收入类、费用类账户期末应转入“本年利润”账户。年末时还应进行利润分配的会计处理。年末时通常利润分配账户有余额。事业单位会计中，则是按取得资金性质的不同。收入类、支出类账户分别转入财政补助结转、非财政补助结转、事业结余和经营结余。年末时，事业结余、经营结余还应转入到“非财政补助结余分配”。但是经营结余出现借方余额时，不得进行结转。财政补助结余分配同时有三个分流渠道：缴纳企业所得税、提取职工福利基金和事业基金。年末该账户无余额。
(16)编制会计报表不同。企业会计“四表”，即资产负债表、利润表、现金流量表、所有者权益变化表。报表全面系统，以反映企业财务状况、经营成果和现金流量的结构性，提供有用的决策信息给用户，帮助他们做出决策更科学，更合理。事业单位会计“三表”，即资产负债表、收入支出表或表费用表、财政补贴收入支出。反映了单位的某一特定日期财务状况和某会计期间的事业成就，预算执行和其他会计信息，可以为单位加强经济管理提供信息，帮助单位领导和管理分析检查各种经营活动的合规性，财政部门预算按自己的预算进行着，正确的合适支出，提高预算管理的质量。
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