石牌村的历史可追溯至宋朝。南宋咸淳九年（1273年），董氏基祖董裔隆从南雄迁徙来此，结茅定居，渐成村落，称为董村。其后裔在董村住了约200年，即到了第八九代祖公时，人口迅速增长，第八代祖公共有10个儿子，于是另择地势较高的地方先后建新房。新址就在庙边岗西北边。其后在蚬壳墙村已住了约100年的池姓后裔，已各繁殖到第五代，第五代的5位祖公共生了11个儿子，于是另择地势较高的地方先后建新房。新址在庙边岗东北边。董、池两姓后裔在新住地定居后，人口稀少增长，两姓居住地就逐渐连成一片。到明代成化年间（1465～1487年），两姓村民另择村名，并以庙边岗的名字，取名为庙边岗（村）。
庙边岗（村）取名后，经过近100年，董、池两姓后裔繁衍昌盛，庙边岗村村民迅速扩大。这时潘姓后裔亦繁衍昌盛，从原著地不断向周围扩大。明代嘉靖年间（1522～1566年）早期，庙边岗村的董、池姓后裔住地基本上与潘姓后裔住地连成一片。这个时候，谢氏在谢角湾（村）已定居近100年，繁衍到第四五代后裔，谢氏第四代（市桥谢氏第九代）龙桥于明代隆庆四年（1570年）钦命为山西典试大主考，后特授福建永定县知县有3个儿子，6个男孙，仕途三代，谢龙桥有岭南人杰之称。谢后第四代开始先后回乡建房纪念祖先，新址在石螺（今石牌西河大街）。
明代嘉靖年间，庙边岗村已发展为一个具有相当规模的多姓氏的村庄，山桔顶前面一带已形成商铺云集的村中心市场，由于此市场地处山冈前面，村民称之为“山前市场”，此名一直流传至今。当时村民经济繁荣，人口昌盛，又由于庙边岗周边有许多石器，如石马、石龟、石鼓等，鼓村民把村名改名为“石牌”。到嘉靖三十一年（1552年），石牌村仍属永泰乡管辖。
清代早期，在方圆几十里范围内，石牌村已是一个知名大村，康熙二十五年（1686年），番禺县就以石牌的名字设置了鹿步司石牌堡，下辖18个行政村，石牌堡的建置直到民国廿年（1931年）才撤销。
清代嘉庆年间（1796～1820年），村内已形成以山前市场为中心通向四周的20多条大街，也是今天村中主要大街。道光八年（1828年），村民筹集资金，把村内多条主要大街和部分小街巷铺上花岗石板路面。
清代道光年间后期至民国廿七年（1938年）的100年间，石牌村仍保持经济繁荣，人口昌盛。1938～1949年，日军侵略和内战使贫穷、落后、饥荒笼罩全村。
中华人民共和国成立后所称的石牌村，实际是个行政村，包括石牌、新庆、东石牌3个自然村，1999年在册人口9317人，人口较多的姓氏依次为池、董、潘、陈、冼，5个姓氏人口合计占全村总人口的86.9%。今天的石牌村已成为广州市新城区中心的一部分。
在行政区域建置隶属上，自南宋末期建村起至明代中期，石牌属番禺县永泰乡管辖。明代后其开始，番禺县设立巡检司，石牌属鹿步司永泰乡管辖。
清代康熙廿五年（1986年），鹿步司设12个堡，石牌村属石牌堡管辖（石牌堡管辖石牌、东石牌、新庆村、甲子沥、沙河墟、杨箕、冼村、猎德等18个村墟）。
民国廿年（1931年），石牌村属番禺县城第四区石牌乡管辖（民国廿五年废区，改乡镇为保甲制）。
民国廿六年（1937年），石牌乡归广州市管辖，建置石牌堡乡。
民国廿九年（1940年）10月，石牌堡乡有划归番禺县管辖，属番禺二区，1946年12月又划归广州市管辖。石牌堡乡辖石牌、林和庄、程界东、程界西、潭村、寺右。
1949年10月，石牌村属广州市石牌区石牌乡管辖。
1951年5月，石牌乡属广州市白云区管辖。
1956年6月，广州市成立广州市郊区，撤销白云区。8月成立石牌大乡，石牌村属广州郊区石牌大乡管辖。
1958年3月，石牌属广州郊区沙河大乡管辖。
1959年2月，石牌管理区改为大队，仍属沙河人民公社管辖。
1961年3月，石牌大队属石牌人民公社管辖。
1962年8月，石牌人民公社属黄埔区管辖。
1962年9月，撤销黄埔区，重新成立郊区，石牌人民公社并入沙河人民公社，仍为石牌大队。
1984年2月，石牌大队改为石牌乡，属天河区公所管辖。
1987年9月，石牌乡改称石牌村民委员会，属天河区石牌街道办事处管辖。
1997年5月，撤销石牌村民委员会，成立石牌三骏企业集团，属石牌街管辖。原村委会下属的三个经济联队（源于过去生产队联队）与5个居民委员会是二个牌子一套班子，属石牌街道办事处领导。
石牌村从建村到现在已有七百多年的历史，从村域的大小、建制和沿革而言，变化很大。现在，石牌村这一名字，作为一个村落已不复存在，但是作为广州市的一个地名、街道名称的历史，则重开新的篇章。
