职能部门
综合办公室、党委组织部（人力资源部）、党委工作部、纪委（监察部）、工会（群众工作部）、财务管理部、规划发展部、经营管理部、审计风险部、总调度室、安全监察局、生产技术部、机电环保部、工程管理部、国际业务部。
兖州煤业股份有限公司
兖州煤业股份有限公司由兖矿集团有限公司控股的境内外上市公司，1998年分别在香港、纽约、上海三地上市。主要从事煤炭生产、洗选加工、煤炭销售和铁路运输，煤化工，电力等业务。
职能部门：董事会秘书处、综合部、人力资源部、计划财务部、企业管理部、企业发展部、信息管理部、总调度室、风险管理部、生产技术部、安全监察局、地质测量部、机电部、通防部、技术中心、地企办。
兖州煤业本部：辖兖州、济东两大煤田，拥有兴隆庄煤矿、鲍店煤矿、东滩煤矿、南屯煤矿、北宿煤矿、济宁二号煤矿、济宁三号煤矿（拥有已探明及推定储量18.66亿吨），铁路运输处、物资供应中心、综机管理中心、煤质运销部、救护大队。
全资子公司：兖州煤业山西能化有限公司（辖：山西和顺天池能源有限责任公司、山西天浩化工股份有限公司）、兖州煤业榆林能化有限公司（辖：榆树湾煤矿、兖州煤业榆林甲醇厂）、兖州煤业鄂尔多斯能化有限公司（辖：安源煤矿、文玉煤矿、石拉乌素煤矿、营盘壕煤矿、转龙湾煤矿、荣信化工公司）、兖煤加拿大资源有限公司（辖：加拿大萨省19项钾矿资源探矿权，潜在钾矿资源量398亿吨）。
绝对控股子公司：山东华聚能源股份有限公司（辖：东滩矿电厂、兴隆矿电厂、鲍店矿电厂、济二矿电厂）、兖煤菏泽能化有限公司（辖：赵楼煤矿、万福煤矿、赵楼综合利用电厂）、兖煤澳大利亚有限公司（辖：澳思达煤矿、雅若碧煤矿、艾诗顿煤矿、莫拉本煤矿、格罗斯特矿区、唐纳森矿区、中山煤矿、坎贝唐斯煤矿、普力马煤矿、开发阶段的莫纳斯、亚森纳、哈瑞布朗特和维尔皮纳等）、山东兖煤航运有限公司、青岛保税区中兖贸易有限公司。
兖矿东华集团有限公司
兖矿集团东华有限公司辖东华重工有限公司、东华建设有限公司、东华置业有限公司、东华物流有限公司四个子公司及东华商贸一个分公司，形成了机电制修、建筑安装、房地产、物流、商贸等五大产业板块。
辖：兖矿集团机电设备制造厂、兖矿东华建设有限公司、中垠地产有限公司、兖矿集团唐村实业有限公司、兖矿集团疗养院、兖矿金通橡胶有限公司、山东新风光电子科技发展有限公司、兖矿集团大陆机械有限公司、兖州东方机电有限公司、山东兖矿物流有限公司、兖矿万家乐超市等。
兖矿事业发展公司
兖矿事业发展公司承担着兖矿集团物业管理、医疗卫生、新闻宣传、员工服务保障、档案管理、离退休管理、社区治理、驻外联络等多个方面重要职责。
辖：山东兖矿技师学院、社区管理中心、兖矿集团党校、兖矿集团总医院、 兖矿集团第三医院、离退休中心、社区治理中心（武装保卫部）、新闻中心、文体活动中心、档案管理中心、驻外联络处等。
兖矿煤化分公司
兖矿煤化分公司是兖矿集团经营煤化工产业的专业化公司。
辖：山东兖矿国际焦化有限公司、兖矿鲁南化工有限公司、兖矿国宏化工有限责任公司、兖矿峄山化工有限公司、兖矿贵州开阳化工有限公司、兖矿煤化供销有限公司、兖矿科蓝煤焦化有限公司、济宁凯模特化工有限公司、兖矿煤化工程有限公司、山东兖矿国拓科技工程有限公司等。
兖矿电铝分公司
兖矿电铝分公司是兖矿集团经营的煤电铝产业专业化公司。
辖：山东兖矿科澳铝业有限公司、山东兖矿轻合金有限公司、山东兖矿炭素制品有限公司、山东兖矿济三电力有限公司、山东兖矿南屯电力有限公司、兖矿铝业国际贸易有限公司等。
兖矿贵州能化有限公司
兖矿贵州能化有限公司是由兖矿集团绝对控股，兖矿集团公司与中国煤矿海外集团共同出资，按照现代企业制度设立的、具有独立法人地位的中外合资企业。
辖：杨家湾煤矿、对江煤矿、磨盘山煤矿、金沙龙凤煤矿、五轮山煤矿、小屯煤矿、发耳煤矿、青龙煤矿等。
兖矿新疆能化有限公司
兖矿新疆能化有限公司是兖矿集团全资子公司，全面负责兖矿集团在新疆的投资和生产经营工作。
辖：兖矿新疆煤化工有限公司、五彩湾煤电筹建处、兖矿新疆矿业硫磺沟煤矿、兖矿新疆矿业力拓煤矿、兖矿新疆能化有限公司经贸分公司等。
陕西未来能源化工有限公司
陕西未来能源化工有限公司由兖矿集团有限公司、兖州煤业股份有限公司、陕西延长石油（集团）有限责任公司共同出资组建，2011年2月25日正式注册成立 。
辖：煤间接液化项目、金鸡滩煤矿。
