如果协议有明确条款说明盖章后生效，但只有法人代表签字，没盖公章，协议还不能生效。没有这个盖章后生效的条款，双方有法人代表签字，没盖公章，协议就已经生效。合同的生效是指已经成立的合同在当事人之间产生了一定的法律拘束力，也就是通常所说的法律效力。合同的成立与生效常常是紧密联系在一起的。当事人订立合同的目的，就是要使合同产生拘束力，从而实现合同所规定的权利和利益，如果合同不能生效，则合同等于一纸空文，当事人也就失去了订约目的。一般认为应具备以下条件：1、订约主体应为双方或多方当事人;2、具备法律规定的要约与承诺这两个阶段或过程;3、对主要条款达成一致的意思表示(有些情形还需要某种形式作为载体来进行表现)。此外，对于实践性合同来说还应把实际交付物作为成立要件。如果具备以上条件，合同就能成立。至于成立的合同是否有效，还得看其是否“依法”成立。只要是依法成立的合同，都应有效。法律依据：《中华人民共和国合同法》第三十二条当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。
只有公章，没有法人签字是有效的。
根据《中华人民共和国合同法》第三十二条规定：当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。
而公章是公司处理内外部事务的印鉴，公司对外的正式信函、文件、报告使用公章，盖了公章的文件就具有法律效力。借条方面如果详细且当事人智力正常，神智清醒的情况下签订的，法律效力相当于借款合同。具有法律效力。
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但根据《中华人民共和国合同法》第五十二条有下列情形之一的，合同无效：
一、一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
二、恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
三、以合法形式掩盖非法目的；
四、损害社会公共利益；
五、违反法律、行政法规的强制性规定。
根据《中华人民共和国合同法》第五十六条无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
参考资料来源：百度百科-公司公章
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国合同法
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《中华人民共和国合同法》第三十二条规定：当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。
民事行为有效的前提是符合法律规定，即不违反法律禁止性、强制性的规定，意思表示真实遵守诚实信用原则。只要是所签订的合同能体现各方权益保护原则的合同关系都应认定有效。至于当事人是加盖公章还是签名仅仅是形式问题，并不因只盖章未签字或只签字未盖章而对合同的成立和生效产生相反的认定。
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借贷手续注意事项
债务人和债权人借钱时也一定要打借条。不打借条是最大的法律风险。法院审查借贷案件时，应要求原告提供书面借条，无书面借条的，应提供必要的事实根据，没有证据的请求，将承担败诉的风险。
因此，在借贷时，借款人应主动写出书面借条，出借人也应提醒对方写出借条，如遇特殊情况，当场无法定出借条的，应有第三人作证，事后补上借条。还款时还款人要注意收回借条，或共同销毁借条。如果出借人声称借条丢失或损坏，还款人应要求出借人出具收据，还款人应妥善保存收据。
参考资料来源：百度百科—中华人民共和国合同法