在瓦尔登湖生活期间，因为梭罗反对黑奴制（Negro Slavery）拒交“人头税”而被捕入狱。虽然他只在狱中蹲了一宿就被友人在未经他本人同意的情况下，替他代交了税款保其出狱，但这一夜却激发他思考了许多问题。出来后曾有一些市民问他这样一个问题，为什么有许多人宁愿坐牢也不愿意交税。为解释这一问题，他结合自己的亲身体验，写成了著名的政论《抵制国民政府》（Re sistance to Civil Government，后改名为Civil Disobedience）。Civil Disobedience 即为公民不服从，指发现某一条或某部分法律、行政指令是不合理时，主动拒绝遵守政府或强权的若干法律、要求或命令，而不诉诸于暴力，这是非暴力抗议的一项主要策略。据说在最初的含义中（ahimsa以及satyagraha），有怜悯的意味，包含了对不同意见的尊重。公民不服从，是人们反抗法律不公的方法之一，在许多非暴力抗议运动中都有使用，包括在印度（甘地的社会福利运动以及从大英帝国独立的运动）、在南非针对种族隔离的斗争、非裔美国人民权运动，以及世界范围内的各种和平运动。其中最早获得巨大成功的是1919年埃及人反对英国占领的革命。他所宣传的这种依靠个人的力量，“非暴力抵抗”的斗争形式对印度的甘地和美国黑人领袖马丁·路德·金产生了很大的影响。在该篇文章中，梭罗也提到了另外两种对不公众的对待方式，一种是默认（Acquiescence），对不公正的默认，另一种是暴力反抗（violence), 以暴力对抗不公正，当然，他并不支持这两种方式，不过当不公正到一种极点时，暴力反抗也是必须的。 这之后，在1847年，梭罗结束了离群索居的生活，回到原来的村落。他仍然保持着自己简朴的生活风格，将主要精力投入写作、讲课和观察当地的植物动物。有时候为了得到极其微薄的生活费用，才偶尔离开村子到父亲的铅笔厂工作一些日子。梭罗卒于1862年5月6日，时年44岁。当时在同时代人的眼中，他只不过是一个观念偏执行为怪异的人，一个爱默生的追求者而已。一直到世纪之交他及其著作才得到了广泛和深刻的认识。 作为他的主要著作之一，《瓦尔登湖》是梭罗在瓦登湖林中二年零二个月又二天的生活和思想纪录。鉴于他的第一部书《康科德和梅里马列克河上的一周》的失败，这一次他格外慎重，没有仓促出版而是静下心来重新写作，使之更加完美。在此后的五年里，他一次又一次地反复修改、补充、完善，有时为了使内容更加和谐统一，甚至将整个段落改动。 在《瓦尔登湖》一书中，有许多篇幅是关于动物和植物的观察记录。梭罗在这里花费了大量的时间和精力观察鸟类、动物、花草和树木的变化，以致于使其同时代的人误将此书理解成一本有关自然的文献，而忽略了其中关于哲学的内容。其实，梭罗的贡献是建立在这两方面之上的。在自然观察方面，他之前已经有诸如吉伯特·怀特（Gibert White）和詹姆斯·奥杜邦（John James Audubon）等人的自然著作问世。但是只有当梭罗的著作出版后，大家承认他才是自然随笔的创始者。在他之前描写自然界的作品，只是以“书信”、“插叙”和“杂志文章”的形式出现，报道他们对于自然界的发现。是梭罗使自然散文独立门户，赋予了它新的概念。如果我们把梭罗在《瓦尔登湖》中关于鸟的段落与奥杜邦的《美国的鸟类》一书加以比较，不难发现奥杜邦的书仅仅是科学报告，而梭罗的文章则是关于自然的艺术创作。 把关于自然的观察与体验详细地记录下来，并赋予通俗的哲学意义，这是梭罗的书真实可爱之处。梭罗积极倡导一种生活观念，一种与现代物质生活日益丰富对立的简朴的生活方式，他堪称超验主义的实践家。 《瓦尔登湖》是一门独特的艺术，它是美国现代文学中散文作品最早的典范之一。与其同时代的伟大作家们相比，此书的风格独特甚至比霍桑、梅尔维尔和爱默生这些天才作家们更富于20世纪散文的气息。这一特点具体体现于它的句子平铺直叙（straight forward），简洁（concise）和有观点（to the point），完全不像维多利亚中期散文那样散漫、用词精细、矫情和具体，也没有朦胧和抽象的气息。通过阅读此书，我们会惊奇地发现这本写于19世纪的作品与海明威、亨利·詹姆斯等人的作品风格十分接近，只不过梭罗的风格更显得丰富而已。
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