1949年中华人民共和国新政府成立以后，中国的天主教和
基督新教组织在中国共产党政府的影响下，改造旧教会，使其逐步脱离了国外宗教团体的领导和干涉而独立出来。简单来说，中国的教会不再从属于罗马教庭和国外的
基督教差会。 新的教会以“独立自主、自办教会”为方针，也可称作“三自”原则。三自，即“自治、自养、自传”。 自治，指教会内部事务独立于国外宗教团体之外。 自养，指教会的经济事务独立于政府财政和国外宗教团体之外。 自传，指完全由本国教会的传道人传教和由本国教会的传道人负责解释教义。 中国的天主教实行自选自圣主教制度。 目前全国性的三自爱国教会组织，基督新教有中国基督教三自爱国运动委员会以及中国基督教协会（通常合成“
全国两会”）；天主教有
中国天主教爱国会、中国天主教教务委员会和中国天主教主教团（即“两会一团”）。 中国天主教爱国会和中国基督教三自爱国教会均自称中国没有类似于外国的众多教派：“中国只有一个中国基督新教，也只有一个中国天主教。”