（一）治疗原则
积极寻找致病原因，对症治疗。慢性期以保守治疗为主，爆发型或内科治疗效果不佳的病例可采取外科手术治疗。
（二）中医辨证论治
1.毒热炽盛、清浊不分
湿热较重，调治失宜，湿热蕴毒，阻滞中焦，清浊不分，泄泻无度，毒热入于营血，证见高热、烦渴、尿短赤、倾泻暴注或蛋花样稀便，舌质红，脉弦数或细数。方用葛根芩连汤加减。
2.热盛阴耗、清浊不分
因患者素体阴虚，或于产后、术后气血两伤，湿热毒邪久羁，阴血耗伤。又因大泻之后多亡阴，致使阴虚之体日衰、毒热之像日著，正虚而邪实，病情危笃。下午潮热，口干欲饮或不欲饮食，颧红，五心烦热，尿短赤，舌质红，脉数。方用青蒿鳖甲汤加减。
3.脾虚湿盛，清浊不分
素体脾虚，湿困气阻，脾虚湿盛，清浊不分。神疲懒言，食少纳呆，口渴不欲饮，腹泻，稀便频作，舌苔白，脉沉细。方用参苓白术丸加减。
4.脾肾虚衰、阳虚欲脱
因倾泻无度，多必亡阴，阴竭则无阳依附，致使阴竭阳脱。形寒肢冷，四肢消瘦，四肢逆冷，畏寒，腹胀腹肿，脉微欲绝。方用四逆汤和四神汤加减。
（三）西医治疗
1.内科治疗
（1）卧床休息和全身支持治疗 包括液体和电解质平衡，尤其是钾的补充，低血钾者应予纠正。同时要注意蛋白质的补充，改善全身营养状况，必要时应给予全胃肠道外营养支持，有贫血者可予输血，胃肠道摄入时应尽量避免牛奶和乳制品。
（2）药物治疗 ①柳氮磺胺吡啶水杨酸制剂是主要治疗药物，如艾迪莎、美沙拉嗪等。②皮质类固醇常用药为强的松或地塞米松，但目前并不认为长期激素维持可防止复发。
2.外科治疗
有20%～30%重症慢性结肠炎患者最终需进行手术治疗
（1）手术指征 需立即进行手术的指征有：①大量、难以控制的出血；②中毒性巨结肠伴临近或明确的穿孔，或中毒性巨结肠经几小时治疗无效者；③暴发性急性慢性结肠炎经类固醇激素治疗4～5小时，症状没有改善者；④由于狭窄引致梗阻的患者；⑤怀疑或证实有结肠癌的患者；⑥难治性慢性结肠炎反复发作恶化，慢性症状持续，营养不良，虚弱，不能工作，不能参加正常社会活动和性生活者；⑦当类固醇激素剂量减少后疾病立即恶化，以致几个月甚至几年不能停止激素治疗者；⑧儿童患慢性结肠炎而影响其生长发育时；⑨严重的结肠外表现如关节炎，坏疽性脓皮病、或胆肝疾病等，手术可能对其有作用。
（2）手术选择 目前慢性结肠炎有四种手术可供选用。①结直肠全切除、回肠造口术；②结肠全切除、回直肠吻合术；③控制性回肠造口术；④结直肠全切除、回肠袋肛管吻合术。
1、体液支持方法。对于许多结肠炎患者来说，炎症发作时一般都会伴有腹泻，而经过多次腹泻，就会容易引起脱水，因此通过适量补充体液，可使用口服补液盐，由WHO（世界卫生组织）推荐配方为氯化钠，碳酸氢钠，氯化钾，葡萄糖或蔗糖，水等，使腹泻得以有效缓解，同时也很好的纠正和避免了体内的电解质紊乱及酸中毒等。
2、运动疗法。结肠炎患者做运动疗法时要全身放松，摒除杂念，姿势取仰卧式，双眼微闭，深呼吸，先提肛40次，向上提时吸气，向下放时呼气。一提一放为一次。做完40次后再揉腹300次，揉腹前要排净大小便，不宜过饿或者过饱。揉时手心向下，右手放在肚脐上，左手放在右手手背上，按顺时针方向揉腹，揉的幅度由小到大，但力度不要过重，即先从肚脐开始，再慢慢向四周扩散，直至整个腹部，揉一圈为一次，揉腹时如出现腹部温热感，肠鸣或排气现象属于正常。做完运动之后，双手放在肚脐上，还是左手放在右手上，做深呼吸五次，平躺两分钟后起床。
3、增强锻炼。建议做一些与自身相适合的散步、慢跑、瑜伽、太极等体育锻炼，以增强体质和提高免疫力。
可以用蜡疗调理，诸药合用，共同起到活血化瘀、疏肝、理气、止泻、消炎、止痛的作用，对因肠胃失调引起的胃部不适、腹胀、暖气、消化不良等症状的调理见效快，效果更佳，并且外用无副作用，是天然绿色疗法。