生物医学工程对医学治疗的贡献还体现在人工器官的发明和广泛应用到人体器官替换。大家知道，不同人体的器官之间会发生免疫排斥反应，会使相似度低的器官被自身的
T淋巴细胞攻击而导致器官移植失败，但人工器官的发明就很好的解决了这个严峻的问题。专业地讲：当人体器官因病伤已不能用常规方法救治时，现代临床医疗技术有可能使用一种人工制造的装置来替代病损器官或补偿其生理功能，人们称这种装置为人工器官(artificial organ)。如20世纪50年代以前，
风湿性心脏瓣膜病的治疗 ，除了应用抗风湿药物、强心药物对症治疗外，对病损的瓣膜很难修复改善，不少患者因心功能衰竭死亡。而今天可以应用人工心肺机体外循环技术，在心脏停跳状态下切开心脏，进行更换人工瓣膜或进行房、室间隔缺损的修补，使心脏瓣膜病、
先天性心脏病患者恢复健康。心外科之所以能达到今天这样的水平，主要是由于人工心肺机的问世和使用了人工心脏瓣膜、人工血管等新材料、新技术的结果。
随着社会的发展和人们生活水平的广泛提高，一些新的疾病开始缠绕一些中老年人，比如肾功能衰竭、
尿毒症等疾病。而人工肾
血液透析技术已挽救了大量肾病晚期患者的生 命，肾病治疗学也因此有了很大进步。现代生物医学工程中人工器官的发展也非常迅速，除上述人工器官外，人工关节、人工心脏起搏器、人工心脏、人工肝、人工肺等在临床都得到应用，使千千万万的患者恢复了健康。可以说，人体各种器官除大脑不能用人工器官代替外，其余各器官都存在用人工器官替代的可能性。
此外，放射医学、超声医学、激光医学、核医学、医用 电子技术、计算机远程医疗技术等先进的医疗技术和仪器设备都是现代医学工程研究开发的成果。总而言之，生物医学工程愈来愈成为现代医学不可分割和或缺的重要的一部分，对现代医学的诊疗工作越来越来发挥着她巨大的价值。