1、食品种类不同：保健食品不需要QS认证的，需要国家食品药品监督管理局审批，必须有小蓝帽的标识。标识QS的是普通预包装食品，由国家质量监督部门认证的。
2、标准不同：保健食品的QS认证，比一般的食品QS认证要严格，例如工艺流程、生产设备、检测仪器、生产标准等。QS现在叫做SC食品生产许可证了。
3、概念不同：食品中蓝帽子与QS是并列关系的，一个产品的包装上只能有一个。蓝帽子是保健食品，QS是普通食品。
扩展资料：
食品中的QS已经取消了，新的食品生产许可证编号完全可以达到识别、查询的目的；取消QS标志有利于增强食品生产者食品安全主体责任意识。
SC能够实现食品的追溯。因为，食品生产许可证编号一经确定便不再改变，以后申请许可延续及变更时，许可证书编号也不再改变。在购买食品时，能够知晓食品原料从哪来，在哪加工等。
除此之外新的食品生产许可证编号是字母SC加上14位阿拉伯数字组成，食品、食品添加剂类别编码由3位数字标志，第1位数字代表食品、食品添加剂生产许可识别码。