在实施基本药物制度的过程中，一些地方在招标环节过分追求低价，引发了公众对药品质量的担忧。针对这一现象，《采购机制》明确强调，基本药物的采购必须坚持质量优先和价格合理性原则，以确保药品质量。
安徽省在基本药物招标中引入了备受推崇的“双信封”招标制度，这一制度被《采购机制》鼓励各地采用。在这一制度下，企业需提交两份标书：一份是经济技术标书，另一份是商务标书。经济技术标书侧重于企业的生产规模、配送能力、销售额等硬性指标，如GMP、GSP资质认证、药品质量记录等，以确保药品质量。只有经济技术标书合格的企业，才能进入商务标书的评审阶段，最终由价格最低的企业中标。
为了进一步提升药品管理，基本药物制度将强化电子监管和供应信息系统。国家食品药品监督管理局（SFDA）将建立全国统一的基本药物信息条形码和药品电子监管平台，对所有基本药物进行全程电子监管。从2011年4月1日起，未纳入电子监管网或未使用统一条形码标识的基本药物，将无法被各省市采购。
此外，基本药物采购还将实施严格的“黑名单”制度，对恶意压价、供应质量不达标的企业，将采取清除出全国招标采购市场的严厉措施，以维护市场秩序和药品质量的稳定。
双信封评标法是指投标人将投标报价和工程量清单单独密封在一个报价信封中，其他商务和技术文件密封在另外一个信封中，分两次开标的评标方法。