水行政许可的监督检查是确保规范实施的重要环节。第七章详细规定了上级水行政主管部门对下级机关的监督措施。根据第四十四条规定，上级会通过执法检查、处理投诉、责任追究或个案督办等方式，及时纠正下级在水行政许可过程中的违法行为。同时，水行政许可实施机关自身也需要建立监督制度，对公民、法人或其他组织的许可活动进行责任监督（第四十五条）。
省、自治区、直辖市和流域管理机构需明确各级的具体监督职责，确保职权的执行与分工明确（第四十五、四十六条）。检查通常通过核查许可人活动的相关材料进行，必要时可进行实地检查，并要求提供相关资料。检查过程应记录并公开，以便公众查阅（第四十六、四十七条）。
在执行监督检查时，必须尊重被许可人的合法权益，不得干扰其正常生产经营，不得索取财物或谋取私利，同时保护国家、商业和个人隐私（第四十七条）。对于跨区域违法活动，违法行为发生地的机构会依法处理并通报原许可机关（第四十八条）。
任何个人或组织发现违法行为，都有权举报，水行政许可实施机关会进行核实处理（第四十九条）。第五十条则列举了撤销水行政许可的法定情形，包括工作人员滥用职权、超越权限、违反程序、对不符合条件的申请人准予许可等，以及通过不正当手段取得许可的情况。撤销许可可能带来的影响，如对公共利益的损害、赔偿问题以及许可注销的规定（第五十一条）都在本章中明确规定。
水行政许可实施办法，为了规范水行政许可，保护公民、法人和其他组织的合法权益，维护公共利益和社会秩序，保障和监督水行政许可实施机关有效实施水行政管理，根据《中华人民共和国行政许可法》、《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国防洪法》、《中华人民共和国水土保持法》等法律法规，制定本办法，自2005年7月8日起施行。