清华大学最牛的三个系为：经济管理学院、建筑学院、计算机科学与技术系。
一、经济管理学院：
清华大学经济管理学院（英文名：School of Economics and Management，Tsinghua University）简称清华经管学院，位于北京市海淀区双清路30号，为清华大学下属二级学院。
清华经管学院是中国内地率先获得AACSB和EQUIS两大全球管理教育顶级认证的商学院，2015年清华-INSEAD EMBA双学位项目在英国《金融时报》EMBA排名中位列全球第一。
清华经济管理学院成立于1926年，最初命名为“清华经济学系”，后因中国高等学校院系调整，曾并入北京大学。1979年改名“经济管理工程系”，后于1984年正式改为“经济管理学院”。
清华经济管理学院共有学位项目学生5977人，教师158名。学院下设7个专业系所，4个博士后流动站，2个博士、硕士学位授予权的一级学科。
二、建筑学院：
清华大学建筑学院作为清华大学设置的19个学院之一，其前身清华大学建筑系由著名建筑学家梁思成先生于1946年10月创办，后于1988年成立学院。建筑学院下设建筑系、城市规划系、景观学系、建筑技术科学系。
此外，跨院系成立的校级科研机构清华大学建筑与城市研究所、清华大学人居环境研究中心和清华大学建筑节能研究中心也依托建设于建筑学院。
三、计算机科学与技术系：
清华大学计算机科学与技术系（以下简称计算机系）成立于1958年。1996年，计算机系在由国务院学位办公室主持的全国计算机学科评估中排名第一，在国内首批获得按一级学科招收和培养研究生的资格。
2006年、2012年在全国学位与研究生教育发展中心开展的一级学科整体水平评估中，以总分满分100分的成绩排名第一；2017年，计算机科学与技术学科在全国一级学科评估中，获得A+。