来料加工的手续一定要掌握好时间的界限，在原材料进口通关以前首先要到原外经贸委（现在统一合并为商务局）办理开展加工贸易的申请，办理加工能力证明。《加工贸易企业经营状况及生产能力证明》有效期为一年。
然后是在电子商务加工贸易的网上申报系统作合同审批。
一、提供下列证明文件和材料办理加工贸易的批准证：
（一）、经营企业出具的书面申请报告及加盖经营企业的《加工贸易批准证申请表》
（二）、经营企业进出口经营权批准文件和工商营业执照（复印件）
（三）、加工企业注册地县级以上外经贸主管部门出具的加工企业生产能力证明（正本），加工企业的工商营业执照（复印件）。
（四）、经营企业对外签定的进出口合同（正本）。
（五）、经营企业与加工企业签定的加工协议（合同）正本。
（六）、审批机关认为需要出具的其它证明文件和材料。
二、填写加工贸易手册
三、手册在海关备案
有关经营单位应在对外签订的来料加工合同自批准之日起1个月内持下列有关单证向有关单位办理合同备案手续：
加工单位或外贸（工贸）公司的营业执照。
税务机关签发的税务登记证
审批部门的批准文件或合同备案证明书。
对外经济贸易部批准立项的项目，还应提供对外经济贸易部批准的文件。
对外签订的合同副本。
海关认为必要的其他单证，如保函或保证金等。
四、来料加工进出口货物办理报关手续
（一）来料加工项下货物进、出口时应向海关提交下列单证：
填有进、出口货物数量、价值、规格等项目等项目并带有经海关认可的报关单位签章的“来料加工进出口货物专用报关单”1式3份。
《来料加工进出口货物登记手册》。
进出口货物的运单、发票、装箱单及海关认为必要的其他单证。
出口外汇核销单。海关对上述单证进行审核，
（二）接受查验。根据《海关法》规定，海关查验货物时，报关员应到场并负责搬移货物、拆和重封货物包装。
（三）办理缴纳税费手续。遇下列情形之一的，免征进口税；①加工装配合同项下进口用于加工成品复出口的料件；②加工装配合同项下进口，直接用于企业加工生产出口产品，而在生产过程中消耗掉的燃料油，以及加工企业生产自用发电油；③进口合理数量的用于安装、加固机器设备的材料；④为加强工业生产管理，由外商提供进口的微型计算机、闭路电视监视系统、电话机等管理设备。
有下列情况之一的，按章征收进口税费；①为加工生产进口的办公用品；②超出海关规定免征进口税范围的加工贸易货物；③加工装配合同项下进口料件、设备等按规定缴交海关监管手续费。
（四）按受放行。企业妥申报、按受查验和缴纳税费手续，并领取了海关签章的报关单核销联后，可将货物运离海关监管现场。
（五）到有关退税分局办理来料加工免税证明