公司申请保密资质应遵循以下步骤：
一、咨询备案、受理登记
1、根据《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》第十一条规定，了解本单位是否具备申请保密资格的基本条件；
2、提交《武器装备科研生产单位保密资格审查认证登记表》原件二份，《承担武器装备科研生产项目或产品涉及国家秘密证明表》、《公司章程》复印件二份；
3、填写军品生产情况登记表（填写后秘密），专人送达或通过机要渠道邮寄至省国防科工办，并根据情况汇报单位军品生产情况和申请保密资质的具体理由；
4、根据具体情况，省国防科工办到申请保密资格单位了解：
（1）、公司的基本情况；
（2）、公司生产军品的情况；
（3）、申请保密资格认证的准备工作；
（4）、到生产场所、保密场所实地了解。
二、省市保密局作具体指导
1、接到可以正式申请的通知后，即与省市保密局联系，请“上海棠开咨询公司”作具体的指导；
2、购买《军工保密资格审查认证工作指导手册》及《军工保密资格审查认证考试题库》；
3、根据《军工保密资格审查认证工作指导手册》的武器装备科研生产单位二、三级保密资格标准（指导手册中的附件4、6）要求，建立健全保密管理体系。
4、成立保密委员会、保密办公室、定密小组，按规定划分保密要害部门部位及涉密人员；
5、根据企业的实际情况，列出申请军工保密资格审查认证的工作计划；6、根据军工保密资格审查认证工作指导手册，初步建立健全文字档案；依据国家保密法律法规和上级有关规定制定基本制度、二级制度和专项制度。
7、对涉密人员进行审查，保密管理人员或者兼职保密管理人员参加省市保密局组织的保密员培训；单位涉密人员的学习要达到要求，并做好员工的保密教育。
8、在省市保密局的指导下，填写《申请书》及根据《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》第十二条规定准备相关资料，注意《申请书》的填写内容不得涉密，应当回避涉密内容或进行非密化处理；
9、对保密室进行全面的整修，完善自动化办公设备；
10、根据“武器装备科研生产单位二、三级保密资格评分标准”各项自评打分（附件），对自查中存在的问题立即进行整改，整改时最好以列表的形式，将整改责任人、整改期限一一列明，争取申请书上报市保密局前整改完毕。
申请保密资质须具备以下条件
涉密资质，全称涉密系统集成资质。是指从事涉密系统业务的单位所需要具备的从事涉及国家秘密活动的资格和保守国家秘密的能力。这里的“涉密系统集成”，包括涉密系统工程的规划、设计、开发、实施、服务及保障等工作。湖北涉密资质
涉密信息系统集成资质分为甲级和乙级两个等级。甲级资质单位可以在全国范围内从事绝密级、机密级和秘密级信息系统集成业务。乙级资质单位可以在注册地省、自治区、直辖市行政区域内从事机密级、秘密级信息系统集成业务。湖北涉密信息系统集成乙级资质
涉密系统集成资质业务种类包括：系统集成、系统咨询、软件开发、综合布线、安防监控、屏蔽室建设、运行维护、数据恢复、工程监理，以及国家保密行政管理部门审查批准的其他业务。武汉涉密资质
涉密信息系统集成乙级资质申请受理流程图
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一、基本条件
在中华人民共和国境内依法成立3年以上的法人，无违法犯罪记录；
承担或拟承担武器装备科研生产的项目或产品涉及国家秘密；
无境外（含港澳台）控股或直接投资，且通过间接投资的外方投资者及其一致行动人的出资比例最终不得超过20%。
二、办理流程
符合申请保密资格的企事业单位到相关部门开具《保密资格认证等级建议表》，相关部门包括军队资格审查申请受理点、军工集团公司、项目总承包单位或法律法规规定的有关部门。
根据《保密资格认证等级建议表》进行保密要害部门、部位的建设和保密档案的建立。
向国家或省级保密行政管理部门报送申请书和有关材料，军工保密资格认证委组织进行书面审查。
三、选择保密资质辅导机构时需要注意的因素
1、机构是否具备好信誉
近年来，随着国家认证准入门槛逐步放开，认证机构数量已经由原来的100多家发展到目前的近400家.其中不乏弄虚作假者，这种状况已经引起国家层面的高度重视。因此，建议装备承制单位选择认证信誉好、服务质量好、机构等级高、社会影响力大的主流认证机构开展管理体系认证，以降低认证风险，确保认证质量。
2、机构是否具备军工背景
军工背景，指的是认证机构对军工行业熟悉，一直在为军工行业服务，其认证审核人员是军工行业出身，掌握军工行业有关法律法规和特殊要求.并能够与标准要求相结合融会贯通地开展认证审核服务。