南山村的历史足迹可以追溯到清朝时期，当时它隶属于诏安县的五都三图中的康罗保南山村。进入民国时期，行政区域有所调整，南山村与西港村合并，成为东山县中兴镇南港保的一部分。中华人民共和国成立后，南山村归属变动，隶属于三区南湖乡，与下湖、岭下乡合并统一管理。
在1951年，南山村隶属于樟塘公社南湖乡；1959年，随着行政区划的变迁，南山村归属康美公社南湖大队。然而，到了1961年，南山村经历了又一次独立，成为樟塘公社的南山大队。随着时间的推移，1984年，南山村再次归属樟塘乡，成为南山村的一部分。直至1993年，南山村最终隶属于樟塘镇，标志着其在近现代历史中的行政归属变迁至此结束。
南山村为一地名，在我国安徽省、浙江省、福建省以及江西省等19个省份都有同名村庄，由于受自然条件影响，以及当地政策规划不同，在发展建设方面，各个村庄存在差别。