基因定位结构分析在微生物领域中，利用重组频率定位法与高等动植物中的原理相似，通过观察杂交子代中重组频率的差异来估算基因间的距离。微生物如菌落或噬菌斑代表个体，使得大规模观察和精细结构分析变得简便，通过选择性培养筛选出重组亲本，提高分析效率和精度。然而，重组频率的精确性会受到突变位置的影响，即标记效应。
缺失定位法则基于基因缺失，需要多种不同缺失型的菌株。例如，大肠杆菌T4噬菌体的rⅡ基因中，一系列缺失突变型被用来快速确定突变位置。定位过程分两步：首先确定大致范围，再用缺失突变型进行精确定位。例如，通过观察点突变型与缺失突变型A105和638的重组情况，可初步定位在区域A5，进一步利用A5中的缺失突变型进行细化定位。这种方法依赖于足够的缺失突变型，使得位置测定非常精准，操作上只需要观察噬菌斑是否存在，无需计数。
共转导定位法基于基因共转导，具有较高的精确性，只需要一个转导噬菌体菌株，因此应用广泛，尤其适合测定同一基因系列点突变的相对位置。体细胞重组定位法则与纯合化定位相似，通过增加体细胞交换频率，如通过X射线处理杂合体，来实现基因的精确定位。
最后，基因转变的梯度定位法利用基因内部点突变的转变频率梯度进行定位，适用于影响子囊孢子颜色和形状的基因，且仅限于一次减数分裂产物包被在囊内的子囊菌。这一方法依赖于转变频率的测定，以实现基因结构的精细定位。
基因定位是遗传学研究中的重要环节。在遗传学的早期研究中并未发现果蝇等生物的基因在染色体上的位置和生理功能有什么关系。