清朝的地方行政制度实行的是督抚制。当时全国划分为23个省，每个省设一名巡抚，为主管一省民政的最高长官。总督权力比巡抚大得多，但与巡抚之间没有直接的隶属关系，总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝。不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。当时全国设八大总督，分别为直隶、两江、闽浙、两湖、陕甘、四川、两广、云贵总督。这就不难看出浙江事实上是归闽浙总督管的。李沛诚所著《中国历代改革者》一书中专门介绍两江总督管辖的是：江苏、安徽、江西三省。
总督和巡抚合称“督抚”，都是从明朝开始设置的。那时，政府派大臣处置地方军政事务，有两种头衔，全称分别是“总督某地等处地方提督军务粮饷兼巡抚事”和“巡抚某地等处地方提督军务兼理粮饷”，前者就是总督，后者就是巡抚，都属于临时性质事罢还朝。
清朝时，正式以督抚为地方最高长官。总督管辖一省或二三省，冶理辖区内的军民要政。巡抚是省级地方长官，总揽一省的军事、吏治、刑狱等事。鸦片战争前，清朝全国有8总督16巡抚。8总督为：直隶、陕西、甘肃、浙江、湖南、湖北、广东、广西、云南、贵州、福建、江西。东北奉天、吉林、黑龙江三省的督抚一直到公元1906年才设置。直隶、四川两省只设总督，不设巡抚。甘肃巡抚于1754年撤去，由陕甘总督兼任。公元1884年，建新疆省，开始设甘肃新疆巡抚，驻乌鲁木齐。公元1885年，台湾建省，改福建巡抚为台湾巡抚，驻台北，福建巡抚由闽浙总督兼任。其余各省则督抚并置。总督的官品高于巡抚。
相对来说，巡抚的官职是固定地，而总督的任命跟带有一定的随机性。比区域大小的话，巡抚是管一省的民生政务，通常在影视文学中出现“一省巡抚”的字样，而总督则掌管两省或者多省的民生、军事等大权。请注意，这里出现了军事的管理权，依照清朝贯例，能掌军事大权的一定是旗人，即使是汉人，也是汉军旗出身，不会是不入旗的，因此，位居巡抚的会有汉人出身的进士，但能当总督的一定都是八旗世家子弟，相对来说也就更受皇帝信任。从另一层来说，总督对其下的巡抚有一定的管制权，但巡抚可以直接上奏皇帝而不通过总督。
由于总督的随机性，当被皇帝任命时，就意味着有对该地的指向性目的，如清前期任命“川陕总督”是为了抵抗西北的叛乱，任命“两江总督”是为了稳定江南局面等。但到了后期，总督的任命更带有一定的荣誉性表现。
清朝的总督与各省巡抚本身理论上没上下级管辖关系，但由于总督为一品官、巡抚为二品官，职能又有交叉，所以关系很微妙。实际上中央采取总督和巡抚互相牵制的方式来管理地方。 清初总督制度不很稳定，主要是管军事的，巡抚受总督节制。乾隆后，国家安定下来，总督除了管军事，地方事务管辖权和巡抚职务开始交叉，大致来说，督抚同城的省，如湖北省，总督相当于现在的由中央政治局委员兼任的省委书记，巡抚为省长，在督抚不同城的省，总督相当于中央政府巡视员。清末，督抚同城的省干脆取消了巡抚，由总督代行职权。所以后来看湖广总督张之洞几乎都在管湖北。 山东、山西、河南三省原来属于直隶总督辖，后来直隶总督辖域缩小到直隶（河北）一省，巡抚代总督职，所以不另设总督。雍正年间，曾设河南总督，由雍正爱将田文镜担任，也曾设管辖山东、河南的河东总督，后来都裁撤了。
