根据摩托车发动机的组成，主要分为配气机构、曲柄连杆机构、变速箱等。其中，配气机构主要分为气门、凸轮轴、摇臂和驱动部件，而链机和顶杆机最大的区别就在于这个驱动部件。链式发动机的驱动部件是一套链轮装置，类似于摩托车常见的动力传动装置，主要由大小链轮和链条组成。
顶针发动机的驱动部件比较简单，主要由上下摇臂和推杆组成，推杆也叫顶针。为了区别于链条发动机，这种发动机也叫顶杆发动机。
由于这两种发动机配气机构的不同，在实际工作过程中会产生不同的效果。通常链条发动机的运行质量会更好，振动和噪音也会更低，所以这类发动机会有高速低振动的特点。
相对来说，顶杆发动机的旋转质量会比较差，为了保证良好的运行效果，会采用低速的调节，这样顶杆发动机的扭矩会更加充足，所以这类车型的特点是扭矩低，结构强，但冲击会更加明显。
产生这种差异的主要原因在于链条发动机的配气机构，这是一个旋转驱动的过程，所以整个运行过程中产生的额外振动会更小，链条的灵活性会将这种振动降到最低，从而尽可能将发动机转速提升到更高的水平，这样链条发动机就会释放出良好的速度性能。
顶杆式发动机的驱动过程是从上到下的往复驱动，所以发动机在工作过程中会有很强的震感。为了弥补这一不足，有必要调整低速。否则速度越高缺点会越大，而降低速度最有效的方法就是长行程大缸径，这样顶杆发动机就会以比链机更低的捻度爆发出来，但相应的速度会更差。从上面的介绍可以看出，这两种类型的发动机可以说是各有特点，所以没有绝对的好坏之分。喷射式发动机强劲的低扭矩将更实用，而链条发动机更好的运行品质将在后期得到更广泛的应用。正是由于这种差异，它们将用于不同用途的车辆。
但值得肯定的是，链条发动机之所以成为主流产品，主要是因为它满足了现阶段大部分车型对发动机运行品质的要求，所以如果非要说哪一款发动机更好，那么链条发动机会稍微有优势。